4 ОБРАЗОВАТЕЛЬНЫЕ ТЕХНОЛОГИИ
При самостоятельном изучении учебных материалов дисциплины в соответствии с современными требованиями подготовки магистров необходимо:
получение знаний, составляющих основу научных представлений об информации, информационных процессах, системах, технологиях и моделях в научных исследованиях;
овладение умениями работать с различными видами информации с помощью компьютера и других средств информационных и коммуникационных технологий (ИКТ), организовывать научно-исследовательскую деятельность и планировать ее результаты;
развитие познавательных интересов, интеллектуальных и творческих способностей средствами ИКТ.
Рекомендуемые Интернет-ресурсы и поисковые системы для доступа к базам данных, программному обеспечению, научным публикациям и т. д. в области молекулярной биологии, биофизики, биохимии и генетики приведены в табл. 7–8.
Таблица 7
№ п/п
|
Наименование БД
|
Краткое описание
|
1
|
BioSystems
|
Содержит информацию о взаимодействии биомолекул, участвующих в метаболизме болезненных состояний, а также других биологических процессов
|
2
|
Bookshelf
|
Содержит коллекцию полнотекстовых книг, которые можно найти в интернете и которые связаны с PubMed
|
3
|
Cancer Chromosomes
|
Содержит описания кариотипа, флуоресценции in situ, изображения гибридизации, клиническую информацию для клеточных линий раковых опухолей
|
4
|
Conserved Domains
|
БД изображений последовательностей белковых доменов и профилей
|
5
|
dbGaP
|
БД генотипов и фенотипов
|
6
|
dbVAR
|
БД геномных структурных изменений
|
7
|
Gene
|
БД генов, в том числе структур геномов, которые были полностью секвенированы
|
8
|
Genome
|
БД последовательностей и картографических данных из целых геномов для более 1000 видов и штаммов
|
9
|
Genome Project
|
Проект «Геном»
|
10
|
NCBI Web Site
|
БД статических страниц NCBI, содержащая документацию, инструменты, старые выпуски информационных бюллетеней, описания страниц ресурса, примеры кода и т. д.
|
11
|
NLM Catalog
|
Содержит содержание книг, журналов, аудио- и видеоматериалов, компьютерных программ, электронных ресурсов и другие материалы, хранящиеся в Национальной медицинской библиотеке (NLM)
|
12
|
Nucleotide
|
Нуклеотидная БД
|
13
|
OMIA (Online Mendelian Inheritance in Animals)
|
БД генов, унаследованных расстройств и черт различных видов животных (кроме человека и мышей)
|
14
|
OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man)
|
БД содержит обзор генов человека, генетических нарушений и других наследственных признаков
|
15
|
PopSet
|
БД, содержащая связанные нуклеотидные последовательности, которые исходят из сравнительных исследований: филогенетических, населения, окружающей среды (экосистем) и мутационных исследований
|
16
|
Protein
|
БД, содержащая аминокислотные последовательности
|
17
|
Protein Clusters
|
БД связанных последовательностей белков (кластеров)
|
18
|
PubMed
|
БД библиографических описаний/аннотаций
|
19
|
PubMed Central
|
БД полнотекстовых ресурсов, находящихся в открытом доступе
|
20
|
SNP (Single Nucleotide Polymorphism)
|
БД одиночных нуклеотидных полиморфизмов, микросателлитов и т. д.
|
21
|
Structure
|
БД экспериментальных данных из кристаллографического и ЯМР-резонансного определения структуры
|
22
|
Taxonomy
|
БД имен и филогенетических линий для более чем 160 000 организмов, имеющих молекулярные данные в БД NCBI
|
Таблица 8
Основные Интернет-ресурсы
для работы с публикациями различного формата
№ п/п
|
Ресурс
|
Описание
|
Интернет-адрес
|
1
|
Специализированный научный поисковый сервер Google
|
Поиск текстов статей, книг, информации об организациях, научных сообществах, учебных заведениях; возможность задавать различные условия поиска текстов
|
http://scholar.google.com
|
2
|
Концентратор SciVerse
|
Расширенный поиск по БД SciVerse Science Direct и Scopus SciVerse. Более 2500 научных журналов и 1100 книг
|
http://www.info.sciverse.com/
|
3
|
Ресурс Science Direct
|
Более 2700 научных журналов и книг с поисковой системой по ключевым словам, названию и выходным данным журнала, фамилии автора. Имеются краткие аннотации к статьям (abstracts), доступ к полным текстам в некоторых журналах.
Журналы издательств Elsevier, Cell Press (Cell, Neuron, Current Biology и др.), публикации Американской психологической ассоциации (АРА), Academic Press и ряда других издательств
|
http://www.sciencedirect.com/
|
4
|
Специализированный научный поисковый сервер SCIRUS
|
Является наиболее полным научным инструментом исследования в Интернете. Более 410 млн ресурсов в том числе: журналы, домашние страницы ученых, учебные курсы, патенты и т. д.
|
http://www.scirus.com/
|
5
|
Ресурс
издательства Blackwell
|
Открытый доступ к полным текстам статей в журналах издательства Blackwell.
Журналы: Psychophysiology; Journal of Neurochemistry; Genes, Brain and Behavior; Journal of Neuroimaging; The Journal of Physiology; Acta Physiologica; Journal of Sleep Research; Sleep and Biological Rhythms; Psychological Science; European Journal of Neuroscience и др.
|
http://onlinelibrary.wiley.com/
|
6
|
Ресурс
издательства Springe
|
БД с поиском статей по ключевым словам, поиском названий по первым буквам, алфавитным и тематическим указателями журналов.
Журналы: Experimental Brain Research; Neuroscience and Behavioral Physiology; Neurophysiology Review; Neurochemical Research; Neurochemical Journal; Psychological research; Psychopharmacology; Behavior; Journal of Nonverbal Behavior и др.
|
http://www.springerlink.com/home/main.mpx
|
7
|
Ресурс Elsevier
|
Более 2200 журналов, систематизированных по алфавиту и по предметным областям. Журналы: Brain Research, Brain Research Bulletin, Neuroscience, Neuroscience Research, Neuroscience Letters, Neuroimaging, Journal of Neuroscience Methods, Brain and Cognition, Neuropsychologia, Behavioral Brain Research, Physiology & Behavior и др.
|
http://top25.sciencedirect.com
http://www.elsevier.ru
|
8
|
Ресурс издательства Oxford University Press
|
Список журналов по алфавиту и по предметным разделам, поиск статей по ключевым словам
|
http://www.oxfordjournals.org
|
9
|
Ресурс журнала Science
|
Бесплатная регистрация позволяет получить доступ к полным текстам статей в выпусках журнала с 1996 года
|
http://www.sciencemag.org/
|
10
|
Электронная библиотека технической литературы
|
Полные тексты статей в журналах IEEE, IET – с 1988 года, книги IEEE – с 1974 года, сборники материалов конференций и другие публикации. Журналы: Neural Networks; Medical Imaging; Acoustics, Speech and Signal Processing Newsletters; Biomedical Engineering; Neural Systems and Rehabilitation Engineering и др.
|
http://ieeexplore.ieee.org/
|
11
|
Международная поисковая система Medline на российском портале Medline.ru
|
Публикации по медицине и биологии
|
http://www.medline.ru/
|
12
|
Библиотечный сервис A-to-Z
|
С помощью нового библиотечного сервиса A-to-Z электронные ресурсы различных издательств объединены в одну систему, что позволяет пользователю переходить из одной БД в другую, не производя поиск в каждом ресурсе отдельно
|
http://atoz.ebsco.com/
|
5. РЕАЛИЗАЦИЯ ГРАФИКА САМОСТОЯТЕЛЬНОЙ РАБОТЫ
Реализация графика самостоятельной работы студентов регламентирована в приложение 1 Учебной программы курса «Математическое моделирование биотехнологических процессов». График предусматривает самостоятельное изучение теоретического материала в течение семестра по разделам, подготовку реферата и его защиту. Темы рефератов выдаются студентам преподавателям; выдача тем для подготовки реферата проводится на 1-й неделе обучения, сдача рефератов – на 12-14-й неделе семестра.
Промежуточный контроль знаний осуществляется в форме устного опроса на 7-й и 14-й неделях семестра.
Итоговый этапом контроля знаний студентов является устный экзамен. Допуском к экзамену служат удовлетворительные результаты проверки теоретических знаний по пройденным разделам курса. Студенты, получившие допуск к экзамену, готовятся к нему, используя перечень контрольных вопросов, и сдают его по экзаменационным билетам.
БИБЛИОГРАФИЧЕСКИЙ СПИСОК
Основная литература
Математическая биология [Текст] = Mathematical Biology : перевод с английского / Д. Мюррей ; под науч. ред. Г. Ю. Ризниченко. - М. : Регулярная и хаотическая динамика ; Ижевск : Институт компьютерных исследований, 2009. Том 1 : Введение = An Introduction. - 2009. - 774 с. : ил. - Библиогр.: с. 705-748. - Предм. указ.: с. 749-766.- Имен. указ.: 767-774. - ISBN 978-5-93972-743-3.
Ферментативные процессы в биотехнологии [Текст] : монография / А. М. Безбородов, Н. А. Загустина, В. О. Попов ; отв. ред. Л. И. Воробьева ; Российская академия наук [РАН]. Институт биохимии им. А.Н.Баха. - Москва : Наука, 2008. - 335 с. : ил. - Списки лит. в конце гл. - ISBN 978-5-02-035661-0
Дополнительная литература
Арзамасцев, А.А. Математические модели биологических и биотехнологических объектов// Вестник Тамбовского университета. Серия: Естественные и технические науки, 2009. – Т. 14. – Вып. 5. – С. 951-981.
Безбородов, А.М. Ферментативные процессы в биотехнологии : монография / А. М. Безбородов, Н. А. Загустина, В. О. Попов ; отв. ред. Л. И. Воробьева ; Российская академия наук [РАН]. Институт биохимии им. А.Н.Баха. - Москва : Наука, 2008. - 335 с.
Березин, И. В. Иммобилизованные ферменты : учеб. Пособие для вузов / И. В. Березин. - Кн. 7. - М. : Высшая школа, 1987. – 159 с.
Березин, И. В. Инженерная энзимология : учебное пособие для вузов / И. В. Березин. - Кн. 8. - М. : Высшая школа, 1987. – 143 с.
Варфоломеев, С. Д. Биокинетика / С. Д. Варфоломеев, К. Г. Гуревич. - М. : Фаир-Пресс, 1999. – 720 с.
Варфоломеев, С. Д. Биотехнология. Кинетические основы микробиологических процессов / С. Д. Варфоломеев, С. В. Калюжный. - М. : Высшая школа, 1990. - 296 с.
Варфоломеев, С. Д. Кинетические методы в биохимических исследованиях / С. Д. Варфоломеев, М. Н. Зайцев. - М. : МГУ, 1982. - 345 с.
Варфоломеев, С. Д. Химическая энзимология / С. Д. Варфоломеев. - М.: МГУ, 2005. – 408 с.
Гордеева, Ю.Л. Моделирование периодического процесса микробиологического синтеза с нелинейной кинетикой роста микроорганизмов / Ю.Л. Гордеева, Ю.А. Ивашкин, Л.С. Гордеев // Вестник Астраханского государственного технического университета. - № 1. - 2011. - С. 37-42.
Загоскина, Н.В. Биотехнология: теория и практика / Л.В. Назаренко, Е.А. Калашникова, Е.А. Живухина – М.: ОНИКС, 2009. – 493 с.
Курский, М. Д. Биохимическая кинетика / М. Д. Курский, С. А. Костерин, В. К. Рыбальченко. – Киев : Высш. шк., 1987. - 262 с.
Ленинджер, А. Основы биохимии : в 3 т. / А. М. Ленинджер. - Мир, 1985.
Романовский, Ю. М. Математическое моделирование в биофизике / Ю. М. Романовский, Н. В. Степанова, Д. С. Чернавский. - М. : Наука, 1985. - 343 с.
Рубин, А. Б. Биофизика. Гл. I. Кинетика биологических процессов / А. Б. Рубин. - М. : Высшая школа, 2003. - 350 с.
Учебное издание
Миронов Петр Викторович
Математическое моделирование биотехнологических процессов.
Методические указания к самостоятельной работе
Редактор И.О. Фамилия
Корректор И.О.Фамилия
Компьютерная верстка: И.О.Фамилия
Подписано в печать (дата) 2011 г. Формат 60х84/16. (А5)
Бумага офсетная. Печать плоская.
Усл. печ. л. … (количество страниц/17). Уч.-изд. л. ? ?.
Тираж 100 экз. Заказ ????. (Дает РИО)
Редакционно-издательский отдел
Библиотечно-издательского комплекса
Сибирского федерального университета
660041, г. Красноярск, пр. Свободный, 79
Тел/факс (391) 244-82-31. E-mail rio@sfu-kras.ru
http://rio.sfu-kras.ru
Отпечатано Полиграфическим центром
Библиотечно-издательского комплекса
Сибирского федерального университета
660041, г. Красноярск, пр. Свободный, 82а |
