Рекомендуемая литература
Основная
Леск А. «Введение в биоинформатику» М., «Бином Лаборатория знаний», 2009. 318 с.
Дурбин Р., Эдди Ш., Крог А., Митчисон Г. «Анализ биологических последовательностей» М., «НИЦ "Регулярная и хаотическая динамика", Институт компьютерных исследований», 2006, 480 с.
Хельтье Х.-Д., Зиппль В., Роньян Д., Фолькерс Г., «Молекулярное моделирование. Теория и практика», «Бином. Лаборатория знаний», 2010, 320 с.
Сердюк И., Заккаи Н., Заккаи Дж. «Методы в молекулярной биофизике. Структура, функция, динамика. В 2 томах», М., «КДУ», 2009
Дополнительная
Achuthsankar S. Nair Computational Biology & Bioinformatics – A gentle Overview, Communications of Computer Society of India, January 2007
Alexander D.H., Novembre J., Lange K. «Fast model-based estimation of ancestry in unrelated individuals» // Genome Res. 2009 Epub 2009 Jul 31
Patterson N., Price A.L., Reich D. «Population structure and eigenanalysis» // PLoS Genet. 2006 Dec; 2(12)
Lawson D.J., Hellenthal G., Myers S., Falush D. «Inference of population structure using dense haplotype data» // PLoS Genet. 2012 Jan; 8(1)
Gilbert D. Bioinformatics software resources. Briefings in Bioinformatics, Briefings in Bioinformatics, 2004 5(3):300–304.
Cristianini, N. and Hahn, M. Introduction to Computational Genomics, Cambridge University Press, 2006.
Tisdall, James. "Beginning Perl for Bioinformatics" O'Reilly, 2001.
Вопросы для устного опроса
Использование последовательностей для определения филогенетических взаимосвязей.
Изучение структуры белков. Виды медицинских приложений биоинформатики.
Базы данных последовательностей нуклеиновых кислот.
Базы данных белковых последовательностей. Базы данных структур. Банки данных метаболических путей.
Библиографические базы данных. ENTREZ. Система поиска последовательностей (SRS). Ресурс идентификации протеинов (PIR).
Понятие выравнивания последовательностей. Точечная матрица сходства.
Мера сходства последовательностей. Расчет выравнивания для двух последовательностей.
Множественное выравнивание последовательностей. Связь множественных выравниваний последовательностей и структур. PSI-BLAST.
Скрытые марковские модели (HMM).
Цели и принципы филогенетических исследований. Понятие филогенетического дерева.
Методы кластеризации. Кладистические методы.
Общая характеристика белков. Стабильность и денатурация белков. Сворачивание (фолдинг) белков.
Классификация структур белков. База данных SCOP. Критическая оценка предсказаний структуры (CASP).
Предсказание вторичной структуры, нейронные сети. Моделирование по гомологии. Распознавание фолда.
Алгоритмы Монте-Карло для перебора конформаций белка. Программа LINUS.
Общее понятие о полногеномных данных. Программа PLINK и ее использование (формат данных, контроль качества данных и базовый анализ).
Программа ADMIXTURE для анализа структуры популяций.
Метод главных компонент при работе с полногеномными данными.
Анализ гаплотипов в популяциях с помощью программы fineSTRUCTURE.
Биоэтика (ФД.А.04)
(68 часов)
№
|
Раздел дисциплины (количество часов самостоятельной работы)
|
Задания по самостоятельной работе аспирантов
|
Рекомендуемая литература
|
Форма контроля
самост. работы
|
1
|
Введение в биоэтику.
|
Проработать лекцию, рекомендованную литературу
|
[1, 2, 3, 5-15]
|
Тестовая контрольная работа
|
2
|
Этические проблемы новейших биотехнологий.
|
Проработать лекцию, рекомендованную литературу
|
[2, 4, 5-15]
|
Контрольная работа
|
Рекомендуемая литература
Бартко А.Н., Михайлова Е.Л. Биомедицинская этика: теория, принципы и проблемы. Части I и 2, -М,: Изд-во ММСИ, 1995-1996г.
Биомедицинская этика /Под ред. В,И .Покровского,- М»: Медицина, 1997г.
Биомедицинская этика /Под ред.В .И .Покровского и Ю.М. Лопухина, вып.2.- М.: Медицина, 1999г.
Биоэтика: принципы, правила, проблемы /Под ред. Б.Г. Юдина,-М,: Эдиториал УРСС, 1998г.
Введение в биоэтику /Под ред, Б.Г. Юдина. –М.: Прогресс-Традиция, 1998г.
Врачебные ассоциации, медицинская этика и общемедицинские проблемы. Сб.Официальных документов. –М., 1996г.
Врачи, пациенты, общество. Права человека и профессиональная ответственность врача в документах международных организапий,-Киев,1996г.
Медицина и права человека: Нормы и правила права, этики, католической, протестантской, иудейской, мусульманской и буддистской религиозной морали /Пер, с франц.-М.: АО И/Г «Прогресс.
Основы биоэтики/Под ред. А.Н.Орлова,-Красноярск:Изд-ЕО ПИК «Офсет», 1997г.
Сборник нормативных актов по охране здоровья граждан Российской Федерации / Под ред. Ю.Д.Сергеева,- М., 1995г.
Силуянова И.В, Биоэтика в России: ценности и законы,-М. 1997г.
Этика практической психиатрии. Руководство для врачей /Под
ред. ВА.Тихоненко. - М., 1996г.
Этико-правовые аспекты проекта «Геном человека» Международные документы и аналитические материалы /Под ред. Б.Г. Юдина. М., 1994г.
Этические и правовые проблемы клинических испытаний и научных экспериментов на человеке и животных. Сборник материалов к конференции.- М.. Российский Национальный Комитет по биоэтике, 1994г.
Силуянова И.B. Этика врачевания. Современная медицина и православие.-М.,2001г.
вопросы для устного опроса
Этика как наука о морали. История медицинской этики в России.
Деонтологическая этика.
Принцип «не навреди».
Принцип «делай благо».
Принцип уважения автономии пациента.
Принцип справедливости.
История биомедицинских экспериментов на человеке и животных.
Правило правдивости.
Правило конфиденциальности.
Правило информированного согласия.
Краткая история проблемы искусственного аборта. Аборт: морально-этические pro et contra. Аборт и медицинское сообщество.
Экстракорпоральное оплодотворение.
Суррогатное материнство.
Специфика моральных проблем медицинской генетики.
Медико-генетическая информация: моральные проблемы получения и использования.
Этические проблемы международного проекта «Геном человека».
Евгеника.
Морально ли тратить средства на трансплантологию?
Моральные проблемы получения органов от живых доноров.
Проблема справедливости в распределении дефицитных ресурсов для трансплантации.
Моральные проблемы трансплантации фетальных органов и тканей.
Генетическая информация как собственность.
Моральные проблемы реализации международного проекта "Геном человека". Патентование генов.
Старые и новые варианты евгеники.
Этические принципы генодиагностики и генетической терапии и инженерии. "Право знать" и "право не знать" генетический диагноз.
Медицинская генетика и криминалистика. Моральные аспекты генетических методов идентификации личности.
Проблема клонирования человека.
Научно-исследовательский семинар (ФД.А.05)
(28 часов)
№
|
Раздел дисциплины (количество часов самостоятельной работы)
|
Задания по самостоятельной работе аспирантов
|
Рекомендуемая литература
|
Форма контроля
самост. работы
|
1
|
Научная деятельность: сущность и специфика.
(8 часов)
|
Проработать лекцию, рекомендов. литературу
|
[1-7]
|
Тестовая контрольная работа
|
2
|
Методология научной публикации
(6 часов)
|
Проработать лекцию, рекомендов. литературу
|
[1-7]
|
Тестовая контрольная работа
|
3
|
Подготовка и оформление диссертационной работы
(6 часов)
|
Проработать рекомендов. литературу
|
[8-14]
|
Тестовая контрольная работа
|
4
|
Представление результатов исследования на семинарах и защите диссертации
(8 часов)
|
Проработать рекомендов. литературу
|
[10, 13-14]
|
Тестовая контрольная работа
|
Рекомендуемая литература
Новиков А.М., Новиков Д.А. Методология научного исследования. – М.: Либроком. – 280 с.
Баскаков А.Я., Туленков Н.В. Методология научного исследования: Учеб. Пособие. – Киев, 2004. – 216 с.
Петров Ю.И. Методологические вопросы научного знания. – М.: Высшая школа, 1977. – 224 с.
Лакатос И. Фальсификация и методология научно-исследовательских программ. – М.: Медиум, 1995.
Куликов С.Б. Основы философского анализа науки: методология, смысл и цель. – Томск, 2005. – 184 с.
Степин В.С., Елсуков А.Н. Методы научного познания. – Минск, 1974 – 152 с.
Фейерабенд П. Избранные труды по методологии науки/ Пер. с англ. и нем. А.Л.Никифорова; общ. ред. и вступ. ст. И.С.Нарского. – М.: Прогресс, 1986. – 542 с.
Райзберг Б.А. Диссертация и ученая степень. Пособие для соискателей. - М.: ИНФРА-М, 2011. - 240 с.
Кузнецов И.Н. Диссертационные работы: методика подготовки и оформления. - 4-e изд., перераб. и доп. - М.: Дашков и Ко, 2009. - 488 с.
Марьянович А.Т. Князькин И.В. Диссертация. Инструкция по подготовке и защите. - М.: АСТ, Астрель-СПб, Харвест, 2009. - 416 с.
Батько Б.М. Соискателю ученой степени. Практические рекомендации (от диссертации до аттестационного дела). - 5-е изд., переработанное, дополненное. - СПб.: МОП АНО "НТЦ им. Л.Т. Тучкова", 2008. - 351с.
Ануфриев А.Ф. Научное исследование. Курсовые, дипломные и диссертационные работы. - М.: Ось-89, 2004. - 112 с.
Волков Ю.Г. Диссертация. Подготовка, защита, оформление. Практическое пособие. - М.: Гардарики, 2005. - 185 с.
Кузин Ф.А. Кандидатская диссертация. Методика написания, правила оформления и порядок защиты. Практическое пособие для аспирантов и соискателей ученой степени. - М.: Ось-89, 2008. - 224 с.
вопросы для устного опроса
Научная деятельность: сущность и специфика. Принципы организации научно-исследовательской деятельности. Структура научно-исследовательской деятельности, взаимосвязь компонентов НИД.
Организация процесса проведения исследования. Основные этапы научного исследования. Методы научного исследования.
Актуальные проблемы исследований в области генетики. Выбор и обоснование темы исследования. Постановка целей и задач исследования, его структуры и плана работы аспирантов.
Научная публикация. Научный текст и научный стиль. Язык научных публикаций. Структура и манера изложения научного текста. Лексика научного текста. Полнота научного текста.
Работа с научной, учебной и справочной литературой, а также использование открытых баз данных, в том числе Интернет-ресурсов, для поиска информации. Системность поиска литературы.
Индексы научного цитирования (РИЦ). Ресурсы с ключевыми журналами по генетике и молекулярной биологии. Ведущие российские журналы, первая десятка по данным SCOPUS и ISI.
Базы данных электронных книг. Описание системы поиска. Ключевые слова и предметные каталоги.
Подготовка диссертационной работы. Основные разделы диссертации. Актуальность темы исследования.
Формулирование целей, задач, объекта, и основных гипотез исследования. Новизна исследования и положения, выносимые на защиту.
Обоснование методологии исследования. Выбор методов и описание выборки исследования.
Разработка темы и составление библиографического обзора.
Основная часть диссертации и способы ее структурирования.
Заключение диссертации: возможные варианты.
Оформление приложений и списка литературы.
Презентация по теме исследования. Расчет оптимального количества слайдов. Зрительное и устное восприятие слушателей.
Подготовка текста выступления. Требования к содержанию устного выступления.
Раздаточные материалы. Краткое представление полученных результатов.
Научная дискуссия. Ответы на вопросы. Регламент проведения защиты диссертации.
Рабочая программа разработана для аспирантов, проходящих обучение в аспирантуре Института биохимии и генетики Уфимского научного центра РАН по специальности научных работников 03.02.07 – Генетика, составлена в соответствии с Федеральными государственными требованиями к структуре основной профессиональной образовательной программы послевузовского профессионального образования, утвержденными приказом Министерства образования и науки РФ от 16.03.2011 г. № 1365.
Утверждена на заседании Ученого совета, Протокол № 12 от 09 ноября 2012 г.
Составители:
Хуснутдинова Э.К., доктор биологических наук, профессор
Хидиятова И.М., доктор биологических наук, профессор
Мустафина О.Е., доктор биологических наук, профессор
Карунас А.С., доктор биологических наук
Джемилева Л.У., доктор медицинских наук, доцент
Беньковская Г.В., доктор биологических наук, доцент
Корытина Г.Ф., доктор биологических наук, доцент
Бикбулатова С.М., кандидат биологических наук, доцент
Литвинов С.С., кандидат биологических наук
Внутренний рецензент:
Чемерис Алексей Викторович, доктор биологических наук, профессор
Внешний рецензент:
Викторова Татьяна Викторовна, доктор медицинских наук, профессор, заведующий кафедрой биологии Государственного бюджетного образовательного учреждения высшего профессионального образования «Башкирский государственный медицинский университет» Министерства здравоохранения Российской Федерации
|
