Отчет о научно-исследовательской работе, выполняемой по государственному контракту 14. 740. 11. 0001 «Разработка алгоритмов для биоинформационного анализа комплексных метаболических и молекулярно-генетических сетей»

Скачать 0.49 Mb.

Название	Отчет о научно-исследовательской работе, выполняемой по государственному контракту 14. 740. 11. 0001 «Разработка алгоритмов для биоинформационного анализа комплексных метаболических и молекулярно-генетических сетей»
страница	7/11
Дата публикации	26.01.2015
Размер	0.49 Mb.
Тип	Отчет

100-bal.ru > Биология > Отчет

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11

4Разработка программного обеспечения для интерактивной визуализации сложных сетей с семантической разметкой.

Для интерактивной визуализации сложных сетей с семантической разметкой была разработана программа ANDVisio. Программа является графическим интерфейсом к базе данных ANDCell, в которой представлена информация о взаимоотношениях для следующих типов объектов: белки, гены, метаболиты, микроРНК, заболевания, биологические процессы, клеточные компоненты. Между объектами рассматриваются следующие типы взаимоотношений:

ассоциации между объектами, т.е. связь между объектами не имеет четко определенной семантики, а задает потенциальную связь, смысл которой может быть уточнен в результате дальнейшего анализа.

физические взаимодействия - образование короткоживущих или постоянных молекулярных комплексов. Физические взаимодействия могут связывать два или более белков, белок и низкомолекулярное вещество – лиганд, белок и ген (взаимодействие транскрипционного фактора с промоторным районом гена), белок и клеточную компоненту, два или более низкомолекулярных вещества, две или несколько клеточных компонент.

регуляторные взаимодействия - влияние одного объекта на другой.

коэкспрессия, одновременная экспрессия нескольких генов, которая была вызвана общими регуляторными механизмами, активизирующими экспрессию генов при меняющихся условиях в клетке.

лечение – применение молекулярного агента для лечения определенного заболевания. Во взаимодействиях этого типа могут принимать участие белки и низкомолекулярные вещества – лекарства.

К химическим взаимодействиям относятся:

превращения одних молекул в другие. Такой тип приписывается реакции в том случае если не указан фермент, катализирующий реакцию, а также если реакция протекает без участия катализатора. В превращениях участвуют только низкомолекулярные вещества. К превращениям относятся также взаимодействие между начальным и конечным продуктом метаболического пути, содержащего несколько промежуточных этапов, не описанных в тексте.

каталитические реакции, в которых участвуют низкомолекулярные вещества в качестве субстратов и продуктов, а также белок в качестве фермента, осуществляющего катализ этой реакции.

расщепление одного белка (субстрата) другим белком (протеолитическим ферментом).

Регуляторные взаимодействия могут быть разделены по типу регуляции на:

регуляцию экспрессии генов транскрипционными факторами, а также их лигандами. В эту категорию входят как прямые регуляторные события, то есть регуляция экспрессии гена транскрипционным фактором, физически взаимодействующим с промотором этого гена, так и опосредованные регуляторные влияния лигандов этих факторов, а также белков, входящих в регуляторный путь, включая рецептор и белки сигнального пути.

регуляцию активности или функции белка, гена, клеточной компоненты или молекулярно-генетического процесса. В качестве регулятора может выступать белок, низкомолекулярное вещество, клеточная компонента.

регуляцию транспорта белков или низкомолекулярных веществ между компартментами клетки, а также секрецию этих молекул из клетки. В качестве регуляторов транспорта могут выступать белок, низкомолекулярное вещество или клеточная компонента.

 регуляцию стабильности или деградации молекулярных объектов. Объектом регуляции могут быть молекулярные структуры белков, матричные РНК, считываемые с генов, клеточные компоненты и низкомолекулярные вещества. Регуляторами, как и в предыдущих случаях, могут являться белки, низкомолекулярные вещества, клеточные компоненты и молекулярно-биологические процессы.

Регуляцию молекулярно-биологических процессов и заболеваний. В качестве регуляторов могут выступать белки, низкомолекулярные вещества, гены, процессы и клеточные компоненты

Кроме того, регуляторные события подразделяются по эффекту, который один объект оказывает на другой, то есть усиление или ослабление процесса.

Программа для визуализации ассоциативных сетей ANDVisio предназначена для выполнения следующих основных функций:

Составление запросов к базе знаний с целью поиска информации о взаимодействиях между белками, генами, метаболитами, микроРНК, заболеваниями, метаболическими процессами и клеточными компонентами
Навигация по ассоциативной сети, осуществление доступа к первичным источникам информации в сети.
Раскладка объектов ассоциативной сети на плоскости
Поиск объектов в ассоциативной сети по синониму
Редактирование ассоциативной сети, добавление и удаление объектов из сети
Анализ ассоциативных сетей: поиск путей и замкнутых циклов внутри сетей
Сохранение ассоциативной сети в формате XML

Клиентское приложение ANDVisio для графического представления ассоциативных сетей написано на языке программирования ObjectPascal с использованием библиотеки LCL (Lazarus Component Library) для создания кроссплатформенного графического пользовательского интерфейса. Для работы с базой данных использовался набор компонент ZeosDBO, позволяющий организовать унифицированный интерфейс доступа к различным СУБД. Отображение графа производится средствами библиотеки OpenGL, использование которой дало возможность работать с графами с огромным количеством вершин не испытывая при этом неудобств, связанных со скоростью визуализации.

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11

Похожие:

	Отчет о научно-исследовательской работе по Государственному контракту... Этап второй: «Выбор направлений исследований и этап предварительных исследований по мембранным коллоидным системам»		Список основных исполнителей по Государственному контракту 14. 740. 11. 1258 от 17 июня 2011 Государственному контракту 14. 740. 11. 1258 от 17 июня 2011 на выполнение поисковых научно-исследовательских работ для государственных...
	Список основных исполнителей по Государственному контракту 14. 740. 11. 1258 от 17 июня 2011 Государственному контракту 14. 740. 11. 1258 от 17 июня 2011 на выполнение поисковых научно-исследовательских работ для государственных...		Список основных исполнителей по Государственному контракту 14. 740. 11. 1258 от 17 июня 2011 Государственному контракту 14. 740. 11. 1258 от 17 июня 2011 на выполнение поисковых научно-исследовательских работ для государственных...
	Отчет по государственному контракту от 04. 06. 2012 №1102-01-41/06-12... ...		Отчет о научно-исследовательской работе по государственному контракту... Русский язык и культура речи: учебно-методический комплекс для студентов очной формы обучения / сост. И. А. Крым; Кузбасский институт...
	Отчет о научно-исследовательской работе Гост 32-2001. Межгосударственный стандарт. Система стандартов по информации, библиотечному и издательскому делу. Отчет о научно-исследовательской...		Отчет о научно-исследовательской работе Межгосударственный стандарт (гост 32-2001). Отчет о научно-исследовательской работе. Структура и правила оформления (редакция 2005...
	Общие положения отчет Отчет о научно-исследовательской работе (нир) документ, который содержит систематизированные данные о научно-исследовательской работе,...		Отчет по Государственному контракту № «Разработка концепции создания интеллектуальной транспортной системы на автомобильных дорогах федерального значения»
	Реферат Отчет о научно-исследовательской работе состоит Отчет о научно-исследовательской работе состоит из 33 рисунков, 8 разделов, 12 подразделов, 9 формул, 31 источника. Общий объем 48...		Разработка и применение инновационных молекулярно-генетических тестов... Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего профессионального образования
	Отчет по Дополнительному соглашению №2 к Государственному контракту... «Разработка проекта скиово бассейна реки Нарва и рек бассейна Псковско-Чудского озера» (С-10-01)		Отчет о научно-исследовательской работе по теме: «Разработка научно... «Институт законодательства и сравнительного правоведения при Правительстве Российской Федерации» (ИЗиСП)
	Отчет о научно-исследовательской работе «Разработка моделей и образцов... «Разработка моделей бакалавра по специальности и магистра по специальности. Реализация моделей по группам специальностей»		Отчет о научно-исследовательской работе в рамках федеральной целевой... «Разработка новых методов индивидуальной коррекции сводно-радикального статуса при бактериальных инфекциях»

Школьные материалы