Отчет о научно-исследовательской работе, выполняемой по государственному контракту 14. 740. 11. 0001 «Разработка алгоритмов для биоинформационного анализа комплексных метаболических и молекулярно-генетических сетей»





НазваниеОтчет о научно-исследовательской работе, выполняемой по государственному контракту 14. 740. 11. 0001 «Разработка алгоритмов для биоинформационного анализа комплексных метаболических и молекулярно-генетических сетей»
страница9/11
Дата публикации26.01.2015
Размер0.49 Mb.
ТипОтчет
100-bal.ru > Биология > Отчет
1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11

5Разработка программного обеспечениия для анализа сложных сетей с семантической разметкой.


Для анализа сложный сетей с семантической разметкой в программе ANDVisio реализованы следующие возможности:

  • Раскладка объектов ассоциативной сети на плоскости

  • Поиск объектов в ассоциативной сети по синониму

  • Редактирование ассоциативной сети, добавление и удаление объектов из сети

  • Анализ ассоциативных сетей: поиск путей и замкнутых циклов внутри сетей

  • Сохранение ассоциативной сети в формате XML для дальнейшего анализа в сторонних программах

5.1Раскладка сети на экране монитора


При выполнении запроса сети небольших размеров автоматически раскладываются на плоскости с целью наиболее удобной для пользователя визуализации связей. Для того чтобы повторить раскладку сети после перемещения объектов выберите пункт меню Раскладка -> Переразложить граф.

В программе ANDVisio доступны два типа раскладки. Быстрая раскладка (Раскладка -> Выбор типа раскладки -> Быстрая раскладка) предназначена для черновой раскладки больших графов. Медленная раскладка (Раскладка -> Выбор типа раскладки -> Медленная раскладка) ориентирована на более тщательную раскладку графов небольшого размера. Если необходимо изменить раскладку фрагмента сети, выделите объекты, входящие в этот фрагмент, и выберите пункт меню Раскладка -> Переразложить выделенные.

С помощью пункта меню Раскладка -> Спрямить связи можно переразложить взаимодействия, не изменяя положения объектов таким образом, что взаимодействия будут находиться между объектами, которые в них участвуют.

5.2Поиск объектов в сети


Для того чтобы найти объект в сети по синониму, введите его в поле Search над левым окном программы с деревом объектов. Результаты поиска будут показаны отдельным деревом во вкладке Search левого окна программы. Для возврата к полному дереву объектов перейдите во вкладку Весь граф левого окна программы.

5.3Редактирование сети


Для того чтобы удалить объект или группу объектов из сети выделите их и выберите пункт меню Редактировать -> Скрыть выделенные или нажмите Del.

Чтобы применить фильтр к реконструированной сети, выберите пункт меню Редактировать -> Фильтр. Выберите свойства фильтра как описано в разделе 4.2.

Чтобы добавить объект в реконструированную сеть выберите пункт меню Редактировать -> Добавить объекты. Выберите объекты и укажите свойства фильтров как описано в разделе (Составление запросов к базе данных ассоциативных сетей).

Отметьте галочкой пункт Не связывать новые объекты с существующими для того, чтобы не показывать связи между добавленными в сеть объектами и объектами, ранее представленными в сети.

Чтобы расширить сеть новыми объектами, связанными с одним или несколькими объектами из реконструированной сети, выделите эти объекты и выберите пункт Расширить в контекстном меню, которое открывается по клику правой кнопкой мыши. Выберите объекты и укажите свойства фильтров как описано в разделе (Составление запросов к базе данных ассоциативных сетей). Отметьте галочкой пункт «Не связывать новые объекты с существующими» для того, чтобы не показывать связи между добавленными в сеть объектами и объектами, ранее представленными в сети.

5.4Анализ ассоциативных сетей


Программа ANDVisio позволяет производить поиск замкнутых циклов и наикратчайших путей между двумя объектами в ассоциативной сети.

Поиск замкнутых циклов и наикратчайших путей осуществляется по алгоритму «поиска в ширину».

В созданной библиотеке анализа графов, которую использует программа ANDVisio, реализованы следующие алгоритмы анализа графов:

  • поиск путей с минимальным количеством промежуточных вершин между заданными вершинами графа;

  • поиск путей минимальной длины во взвешенном графе;

  • определение связности графа;

  • определение отношения ребра к кольцевым системам;

  • нахождение компонент связности графа;

  • нахождение сильных компонент ориентированного графа;

  • построение матрицы связности и обобщённой матрицы связности графа;

  • построение матрицы достижимости графа;

  • построение матрицы расстояний графа;

  • поиск максимальных независимых множеств вершин графа;

  • поиск системы независимых минимальных колец графа (исключая петли), покрывающих все кольцевые ребра графа;

  • построение графа, дополнительного к заданному графу;

  • построение рёберного графа для заданного графа;

  • поиск эйлерова цикла в графе;

  • поиск гамильтоновых циклов в орграфе;

Для поиска кратчайшего пути выделите в сети два объекта (выделите один объект и, удерживая клавишу Shift, выделите второй). Выберите пункт меню Анализ -> Поиск кратчайших путей. Список найденных путей появится во вкладке Пути левого окна программы. Для просмотра участников пути нажмите на «+» рядом с названием пути.

Чтобы выделить путь на сети цветом и жирной линией кликните правой кнопкой на названии пути и выберите пункт Подсветить в контекстном меню. Выберите тип и цвет линии для подсветки пути. Для использования этой опции рекомендуется отключить подсветку связей выделяемого объекта, сняв галочку в пункте меню Вид -> Подсвечивать связи.

Для поиска минимальных циклов, в которые входит определённый объект, выделите его и выберите пункт меню Анализ -> Поиск циклов. Список найденных циклов появится во вкладке Циклы левого окна программы. Для просмотра участников цикла нажмите на «+» рядом с названием цикла. Подсветка цикла возможна тем же способом что и подсветка пути.

Также имеется возможность поиска множества фундаментальных циклов. Для это го служит пункт меню Анализ -> Поиск фундаментальных циклов. Список циклов появится во вкладке Циклы левого окна программы. Подсветка цикла возможна тем же способом что и подсветка пути.
1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11

Похожие:

Отчет о научно-исследовательской работе, выполняемой по государственному контракту 14. 740. 11. 0001 «Разработка алгоритмов для биоинформационного анализа комплексных метаболических и молекулярно-генетических сетей» iconОтчет о научно-исследовательской работе по Государственному контракту...
Этап второй: «Выбор направлений исследований и этап предварительных исследований по мембранным коллоидным системам»
Отчет о научно-исследовательской работе, выполняемой по государственному контракту 14. 740. 11. 0001 «Разработка алгоритмов для биоинформационного анализа комплексных метаболических и молекулярно-генетических сетей» iconСписок основных исполнителей по Государственному контракту 14. 740. 11. 1258 от 17 июня 2011
Государственному контракту 14. 740. 11. 1258 от 17 июня 2011 на выполнение поисковых научно-исследовательских работ для государственных...
Отчет о научно-исследовательской работе, выполняемой по государственному контракту 14. 740. 11. 0001 «Разработка алгоритмов для биоинформационного анализа комплексных метаболических и молекулярно-генетических сетей» iconСписок основных исполнителей по Государственному контракту 14. 740. 11. 1258 от 17 июня 2011
Государственному контракту 14. 740. 11. 1258 от 17 июня 2011 на выполнение поисковых научно-исследовательских работ для государственных...
Отчет о научно-исследовательской работе, выполняемой по государственному контракту 14. 740. 11. 0001 «Разработка алгоритмов для биоинформационного анализа комплексных метаболических и молекулярно-генетических сетей» iconСписок основных исполнителей по Государственному контракту 14. 740. 11. 1258 от 17 июня 2011
Государственному контракту 14. 740. 11. 1258 от 17 июня 2011 на выполнение поисковых научно-исследовательских работ для государственных...
Отчет о научно-исследовательской работе, выполняемой по государственному контракту 14. 740. 11. 0001 «Разработка алгоритмов для биоинформационного анализа комплексных метаболических и молекулярно-генетических сетей» iconОтчет по государственному контракту от 04. 06. 2012 №1102-01-41/06-12...
...
Отчет о научно-исследовательской работе, выполняемой по государственному контракту 14. 740. 11. 0001 «Разработка алгоритмов для биоинформационного анализа комплексных метаболических и молекулярно-генетических сетей» iconОтчет о научно-исследовательской работе по государственному контракту...
Русский язык и культура речи: учебно-методический комплекс для студентов очной формы обучения / сост. И. А. Крым; Кузбасский институт...
Отчет о научно-исследовательской работе, выполняемой по государственному контракту 14. 740. 11. 0001 «Разработка алгоритмов для биоинформационного анализа комплексных метаболических и молекулярно-генетических сетей» iconОтчет о научно-исследовательской работе
Гост 32-2001. Межгосударственный стандарт. Система стандартов по информации, библиотечному и издательскому делу. Отчет о научно-исследовательской...
Отчет о научно-исследовательской работе, выполняемой по государственному контракту 14. 740. 11. 0001 «Разработка алгоритмов для биоинформационного анализа комплексных метаболических и молекулярно-генетических сетей» iconОтчет о научно-исследовательской работе
Межгосударственный стандарт (гост 32-2001). Отчет о научно-исследовательской работе. Структура и правила оформления (редакция 2005...
Отчет о научно-исследовательской работе, выполняемой по государственному контракту 14. 740. 11. 0001 «Разработка алгоритмов для биоинформационного анализа комплексных метаболических и молекулярно-генетических сетей» iconОбщие положения отчет
Отчет о научно-исследовательской работе (нир) документ, который содержит систематизированные данные о научно-исследовательской работе,...
Отчет о научно-исследовательской работе, выполняемой по государственному контракту 14. 740. 11. 0001 «Разработка алгоритмов для биоинформационного анализа комплексных метаболических и молекулярно-генетических сетей» iconОтчет по Государственному контракту №
«Разработка концепции создания интеллектуальной транспортной системы на автомобильных дорогах федерального значения»
Отчет о научно-исследовательской работе, выполняемой по государственному контракту 14. 740. 11. 0001 «Разработка алгоритмов для биоинформационного анализа комплексных метаболических и молекулярно-генетических сетей» iconРеферат Отчет о научно-исследовательской работе состоит
Отчет о научно-исследовательской работе состоит из 33 рисунков, 8 разделов, 12 подразделов, 9 формул, 31 источника. Общий объем 48...
Отчет о научно-исследовательской работе, выполняемой по государственному контракту 14. 740. 11. 0001 «Разработка алгоритмов для биоинформационного анализа комплексных метаболических и молекулярно-генетических сетей» iconРазработка и применение инновационных молекулярно-генетических тестов...
Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего профессионального образования
Отчет о научно-исследовательской работе, выполняемой по государственному контракту 14. 740. 11. 0001 «Разработка алгоритмов для биоинформационного анализа комплексных метаболических и молекулярно-генетических сетей» iconОтчет по Дополнительному соглашению №2 к Государственному контракту...
«Разработка проекта скиово бассейна реки Нарва и рек бассейна Псковско-Чудского озера» (С-10-01)
Отчет о научно-исследовательской работе, выполняемой по государственному контракту 14. 740. 11. 0001 «Разработка алгоритмов для биоинформационного анализа комплексных метаболических и молекулярно-генетических сетей» iconОтчет о научно-исследовательской работе по теме: «Разработка научно...
«Институт законодательства и сравнительного правоведения при Правительстве Российской Федерации» (ИЗиСП)
Отчет о научно-исследовательской работе, выполняемой по государственному контракту 14. 740. 11. 0001 «Разработка алгоритмов для биоинформационного анализа комплексных метаболических и молекулярно-генетических сетей» iconОтчет о научно-исследовательской работе «Разработка моделей и образцов...
«Разработка моделей бакалавра по специальности и магистра по специальности. Реализация моделей по группам специальностей»
Отчет о научно-исследовательской работе, выполняемой по государственному контракту 14. 740. 11. 0001 «Разработка алгоритмов для биоинформационного анализа комплексных метаболических и молекулярно-генетических сетей» iconОтчет о научно-исследовательской работе в рамках федеральной целевой...
«Разработка новых методов индивидуальной коррекции сводно-радикального статуса при бактериальных инфекциях»


Школьные материалы


При копировании материала укажите ссылку © 2013
контакты
100-bal.ru
Поиск