4.1Интерфейс программы ANDVisio
Основное окно программы содержит панель главного меню, две панели с кнопками для быстрого доступа к основным функциям, область для представления сетей в виде списка всех участников сети с их свойствами и область для графического представления сетей (Рис. .4.1).
Р
ис. 4.1. Главное окно программы. Построена сеть первого уровня для белка PPARG
Меню файл содержит пункты "Соединение", "Мастер запросов", "Открыть ...", "Сохранить как ...", "Сохранить как изображение ...", "Выход".
Пункт "Соединение" позволяет восстановить соединение с базой данных. В случае невозможности восстановления соединения выдаётся предупреждение и блокируются все функции работы с базой данных.
4.2Составление запросов к базе данных ассоциативных генных сетей
Пункт "Мастер запросов" открывает форму для настройки параметров запроса к базе данных (Рис. 4.2).
Р
ис. 4.2. Окно «Мастера запросов»
Форма состоит из нескольких вкладок, которые логически можно разделить на 2 группы. В первую группу входят вкладки "Синонимы", "Ссылки на базы данных". Эти группа вкладок отвечает за указание пользователем интересующих его объектов.
Остальные вкладки входят во вторую группу и отвечают за настройку фильтров, накладываемых на результирующую сеть.
На вкладке "Синонимы" в нижней части формы пользователь может ввести шаблон названия объекта и выбрать тип объекта. После нажатия кнопки "Добавить" производится поиск объектов в базе данных, имеющих совпадающие с указанным шаблоном названия. В случае если обнаружено более 1 объекта, удовлетворяющего условиям, то открывается форма для уточнения пользователем интересующих объектов (Рис. 4.3).
Р
ис. 4.3. Окно выбора объектов «Мастера запросов»
Форма разделена на 2 половины, на левой панели представлены доступные объекты, удовлетворяющие критерию, а на правой список выбранных объектов. Для удобства выбора пользователем интересующих объектов, для каждого объекта приведены все, содержащиеся в базе, его названия, а также принадлежность к организмам.
Перемещение объектов с одной панели на другую может быть осуществлено несколькими способами: доступно использование механизма Drag&Drop (объекты можно перетаскивать мышкой), либо можно воспользоваться кнопками, расположенными в центре формы. Кнопки выполняют следующие действия: ">>>" и "<<<" позволяют перенести все объекты с одной панели на другую, а ">" и "<" перемещают выделенные объекты.
После подтверждения списка выбранных объектов они заносятся в список в форме "Мастера запросов".
На вкладке "Ссылки на базы данных" пользователь может указать интересующие его объекты по их идентификаторам во внешних базах данных. Идентификаторы можно добавлять в список как по одному, так и сразу несколько. Для добавления одного идентификатора следует его ввести в поле "ID базы данных". Для занесения сразу нескольких идентификаторов следует их сохранить в текстовый файл (каждый идентификатор должен быть записан в отдельной строке), а затем выбрать созданный файл в поле "имя файла". Далее следует указать название базы данных идентификаторы которой были указаны. Если название базы данных не известно, то можно попробовать поискать эти идентификаторы по всем доступным базам данных, но идентификаторы многих баз данных пересекаются между собой и соответствуют совершенно разным объектам. После нажатия на кнопке "Добавить" идентификаторы добавятся в список интересующих объектов (Рис. 4.4).
Р
ис. 4.4. Окно «Мастера запросов» для добавления объектов по идентификаторам баз данных
Под уровнем сети мы понимаем максимальную длину пути кратчайшего пути от начальной вершины до всех остальных.
Уровень сети можно указать как перед добавлением новых объектов в список, так и после. Уровень может быть задан для каждого объекта в списке индивидуально.
Включение переключателя "Только непосредственные связи" используется в случае, если требуется получить только непосредственно связанные объекты и при этом не требуются взаимосвязи между объектами 1 уровня.
На вкладке "Организм" пользователю предлагается указать список интересующих организмов. В нижней части вкладки в поле "Организм" требуется ввести шаблон названия организма и нажать на кнопку "Добавить". В случае если обнаружено более 1 названия организма, удовлетворяющего условиям, то открывается форма для уточнения пользователем интересующих организмов (Рис. 4.5).
Р
ис. 4.5. Окно «Мастера запросов» для введения фильтра по организмам
Вкладка "Фильтр по базам данных" позволяет выбрать базы данных из которых будут выбираться связи между объектами (Рис 4.6).
Р
ис. 4.6. Окно «Мастера запросов» для заполнения фильтра по базам данных
На вкладке "Фильтр по типам объектов" указываются типы объектов, которые должны быть в реконструированной сети. (Рис. 4.7)
Р
ис. 4.7. Окно «Мастера запросов» для заполнения фильтра по типам объектов
На вкладке "Фильтр по типам взаимодействий", которые должны быть в реконструированной сети (Рис. 4.8).
Р
ис. 4.8. Окно «Мастера запросов» для заполнения фильтра по типам взаимодействий
После окончания заполнения формы "Мастер запросов" нажимается кнопка "OK". Результат выполнения запроса на сервере возвращается в программу ANDVisio (Рис. 4.1).
В левом окне программы в виде дерева указаны все объекты ассоциативной сети, сгруппированные по типам. Для каждого объекта приведены список синонимов его названий и организм. Двойной щелчок на объекте выделит его и разместит сеть таким образом, чтобы этот объект был в центре окна. А двойной клик на объекте в сети произведёт поиск его в списке на левой панели.
Взаимосвязи на левой панели сгруппированы по их типам. Для каждой взаимосвязи приводятся все её участники с их свойствами.
Щелчок левой кнопкой мыши на объекте производит его выделение, при этом подсвечиваются все его связи красным цветом.
Для отключения подсветки надо снять галочку в пункте меню Вид -> Подсвечивать связи.
Пункт меню Вид -> Показывать названия позволяет управлять отображением подписей к объектам.
Чтобы уменьшить или растянуть сеть по размеру окна программы следует использовать пункт меню Вид -> Вписать в окно.
Правый щелчок мыши на объекте открывает всплывающее меню. В нем можно выбрать пункт Свойства для получения подробной информации о свойствах данного объекта.
Р
ис. 4.9. Окно свойств объекта
В верхнем поле окна свойств объектов (Рис 4.9) указаны синонимы данного объекта, в нижнем поле --- ссылки на идентификаторы этого объекта в различных базах данных. Щелчок на ссылке позволяет через web-браузер получить доступ к карточке интересующего объекта в выбранной базе данных.
Рис. 4.10. Окно свойств взаимодействия
В верхнем поле окна свойств взаимодействий (Рис 4.10) указан тип взаимодействия и его участники (названия, типы объектов, роли объектов во взаимодействии)
В нижнем поле указаны интерактивные ссылки на базу данных, которая была источником информации о взаимодействии.
В том случае, если информация о взаимодействии была извлечена из текстов рефератов PubMed с помощью text-mining, в среднем поле окна свойств взаимодействий указывается предложение, из которого извлечена информация о взаимодействии, а также ссылка на реферат PubMed, который содержит это предложение.
|
