Отчет о выполнении поисковых научно-исследовательских работ по теме





НазваниеОтчет о выполнении поисковых научно-исследовательских работ по теме
страница9/9
Дата публикации07.04.2015
Размер0.94 Mb.
ТипОтчет
100-bal.ru > Биология > Отчет
1   2   3   4   5   6   7   8   9
В ходе реализации НИР были подготовлены учебные пособия с модульно квалиметрическим обеспечением:
  • «Биоинформационные базы данных нуклеотидных последовательностей человека и методы оценки их валидности»;
  • «Геномные технологии для регистрации генных и хромосомных мутаций»;
  • «Достижения геномной биоинформатики».
Учебно- методические пособия будут использоваться магистрами при самостоятельной работе с базами данных, при выполнении научно-исследовательских проектов, магистерских диссертаций, а также при прочтении специальных курсов «Алгоритмы и программные системы в биоинформатике» и «Гены и геномы».

СПИСОК ИСПОЛЬЗУЕМОЙ ЛИТЕРАТУРЫ


  1. Holmans, P. Nonparametric linkage / P. Holmans; ed. by D.J. Balding, M. Bishop, C. Cannings // Handbook of Statistical Genetics: Wiley. – 2001. – P. 487-505.

  2. Strachan, T. Human Molecular Genetics 2 [Электронный ресурс] / T. Strachan, A.P. Read. - New York and London: Garland Science, 1999. URL http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bookshelf/br.fcgi?book=hmg (дата обращения: 12.12.2009).

  3. Nickerson, D.A. DNA sequence diversity in 9.7-kb region of the human lipoprotein lipase gene / D.A. Nickerson, S.L. Taylor, K.M. Weiss e.a. // Nat Genet. – 1998. – V. 19. – P. 223-240.

  4. Козлов, М.В. Введение в математическую статистику / М.В. Козлов, А.В. Прохоров. – М.: Изд-во Московского Университета, 1987.

  5. Stephens, M. A comparison of Bayesian methods for haplotype reconstruction from population genotype data [Электронный ресурс] / M. Stephens, P. Donnelly // Am J Hum Genet. – 2003. – V. 73. – P. 1162-1169. URL http://stephenslab.uchicago.edu/MSpapers/Stephens2003a.pdf (дата обращения: 15.12.2009).

  6. Cudworth, A.G. Evidence for HLA-linked genes in ‘juvenile’ diabetes mellitus / A.G. Cudworth, J.G. Woodrow // Br Med J. – 1975. – V. 3. – № 5976. – P. 133-135.

  7. Carlson, C.S. Selecting a maximally informative set of single-nucleotide polymorphisms for association analyses using linkage disequilibrium / C.S. Carlson, M.A. Eberle, M.J. Rieder e.a. // Am J Hum Genet. – 2004. – V. 74. – P. 106-120.

  8. Ao, S.I. CLUSTAG: hierarchical clustering and graph methods for selecting tag SNP / S.I. Ao, K. Yip, M. Ng e.a. // Bioinforamatics. – 2005. – V. 21. – P. 1735-1736.

  9. Barnes, M.R. Bioinformatics for Geneticists. 2nd ed. / M.R. Barnes. - WILEY, 2007.

  10. Halldorsson, B.V. Optimal selection of SNP markers / B.V. Halldorsson, S. Istrail, F.M. De La Vega // Hum Hered. – 2004. – V. 58. – P. 190-202.

  11. Ke, X.A comparison of tagging methods and their tagging space / X.A. Ke, M.M. Miretti, J. Broxholme e.a. // Hum Mol Genet. – 2005. – V. 14. – P. 2757-2767.

  12. Morton N.E. The optimal measure of allelic association / N.E. Morton, W. Zhang, P. Taillon-Miller e.a. // Proc Nat Acad Sci. – 2001. – V. 98. – P. 5217-5221.

  13. Hill, W. Maximum likelihood estimation of gene location by linkage disequilibrium / W. Hill, B. Weir // Am J Hum Genet. – 1994. – V. 54. – P. 705-714.

  14. Kaplan, N.L. Thu use of linkage disequilibrium for estimating the recombination fraction between a marker and a disease gene / N.L. Kaplan, B.S. Weir; ed. by Donnely P.I. – New-York: Springer-Verlag, 1997. – P. 207-219.

  15. Edwards, A.W.F. The measure of association in 2 x 2 table / A.W.F. Edwards // J Roy Stat Soc A. – 1963. – V. 126. – P. 109-114.

  16. Sham, P.C. Statistics in Human Genetics. London: Arnold Publishers / P.C. Sham. New York: John Wiley and Sons Inc, 1998.

  17. Севастьянов, Б.А. Курс теории вероятностей и математической статистики / Б.А. Севастьянов. – М.: Наука. Гл. ред. физ.-мат. лит., 1982.

  18. Гмурман, В.Е. Теория вероятностей и математическая статистика. 9-е изд. / В.Е. Гмурман. – М.: Высшая школа, 2003.

  19. Terwilliger, J.D. Program SIBPAIR – sib pair analysis on nuclear families [Электронный ресурс] / J.D. Terwilliger, D. Joseph //, Columbia University Medical Center. URL: ftp://linkage.cpmc.columbia.edu (дата обращения: 12.12.2009).

  20. Abecasis, G.R. A general test of association for quantitative traits in nuclear families / G.R. Abecasis, L.R. Cardon, W.O. Cookson // Am J Hum Genet. – 2000. – V. 66. – P. 279-292.

  21. Whittemore, A.S. A class of tests of linkage using affected pedigree members / A.S. Whittemore, J. Halpern // Biometrics. – 1994. – V. 50. – P. 118-127.

  22. Goldgar, D.E. Multipoint analysis of human quantitativegenetic variation / D.E. Goldgar // Am J Hum Genet. – 1990. – V. 47. – P. 957-967.

  23. Generic Genome Browser Help [Электронный ресурс] // HapMap Project site. 27.10.2005. URL: http://hapmap.ncbi.nlm.nih.gov/gbrowse help.html (дата обращения: 2.05.2010).

  24. PHOEBE Biostatistics group. GENESTAT version 2.0 – statistics in genetics [Электронный ресурс] / PHOEBE Biostatistics group // GENESTAT. 10.09.2007. URL: http://www.genestat.org/index.php?n=GeneStat.MeasuresOfLD (дата обращения: 2.05.2010).

  25. Amos, C.I. Robust variance components approach for assedding genetic linkage in pedigrees / C.I. Amos // Am J Hum Genet. – 1994. – V. 54. – P. 535-543.

  26. Abecasis, G.R. Merlin – rapid analysis of dense genetic maps using sparse gene flow trees [Электронный ресурс] / G.R. Abecasis, S.S. Cherny, W.O. Cookson e.a. // Nat Genet. – 2002. – V. 30. – № 1. – P. 97-101. URL http://www.sph.umich.edu/csg/abecasis/publications/pdf/Nat.Genet.vol.30-pp.97.pdf.

  27. Heath, S. Markov chain segregation and linkage analysis for oligogenetic models / S. Heath // Am J Hum Genet. – 1997. – V. 61. – P. 748-760.

  28. Jensen, C.S. Blocking Gibbs sampling in very large probabilistic expert systems / C.S. Jensen, A. Kong, U. Kjaerulff // Int J Hum Comput Stud. – 1995. – V. 42. – P. 647-66.

  29. Кендалл, М. Многомерный статистический анализ и временные ряды / М. Кендалл, А. Стьюарт. – М.: Наука. Гл. ред. физ.-мат. лит., 1976. – Т.3.

  30. Spielman, R.S. Transmission test for linkage disequilibrium: the insulin gene region and insulin-dependent diabetes mellitus / R.S. Spielman, R.E. McGinnis, W.J. Ewens // Am J Hum Genet. – 1993. – V. 52. – P. 506-516.

  31. Hedrick, P.W. Mutation and linkage disequilibrium in human mtDNA [Электронный ресурс] / P.W. Hedrick,S. Kumar // Eur. J. Hum. Genet. – 2001. – V. 9. - № 12. – P. 969-972. URL http://www.nature.com/ejhg/journal/v9/n12/pdf/5200735a.pdf (дата обращения: 12.12.2009).

  32. The International HapMap Consortium. The International HapMap Project // Nature. – 2003. – V. 426. – P. 789-796.

  33. International HapMap Consortium. A haplotype map of the human genome // Nature. – 2005. – V. 437. – P. 1299-1320.

  34. Lewontin R. On measures of gametic disequilibrium / R. Lewontin // Genetics. – 1989. – V. 120. – P. 849-852.

  35. Liljedahl, U. Detecting imbalanced expression of SNP alleles by minisequencing on microarrays / U. Liljedahl, M. Fredriksson, A. Dahlgren, A.C. Syvanen // BMC Biotechnol. – 2004. – V. 4. – P. 24.

  36. MERLIN Tutorial [Электронный ресурс] // Center for Statistical Genetics, University of Michigan School of Public Health. URL : http://www.sph.umich.edu/csg/abecasis/Merlin/tour/ (дата обращения: 02.05.2010).

  37. Nielsen, R. Genomic scans for selective sweeps using SNP data / R. Nielsen, S. Williamson, Y. Kim e.a. // Genome Res. – 2005. – V. 15. – P. 1566-1575.

  38. Pritchard, J.K. Linkage disequilibrium in humans: models and data / J.K. Pritchard, M. Przeworski / Am J Hum Genet. – 2001. – V. 69. – P. 1-14.

  39. Sobel, E. Descent graphs in pedigree analysis: applications to haplotyping, location scores, and marker sharing statistics / E. Sobel, K. Lange // Am J Hum Genet. – 1996. – V. 58. – P. 1323-1337.

  40. Weir, B.S. Measures of human population structure show heterogeneity among genomic regions / B.S. Weir, L.R. Cardon, A.D. Anderson e.a. // Genome Res. – 2005. – V. 15. – P. 1468-1476.

  41. Дубина, И.Н. Математические основы эмпирических социально-экономических исследований / И.Н. Дубина. – Барнаул: Изд-во Алтайского ун-та, 2006.

  42. Clark, A.G. Haplotype structure and population genetic inferences from nucleotide-sequence variation in human lipoprotein lepase / A.G. Clark, K.M. Weiss, D.A. Nickerson e.a. // Am J Hum Genet. – 1998. – V. 63. – P. 595-612.

  43. Dudbridge, F. Likelihood based association analysis for nuclear families and unrelated subjects with missing genotype data / F. Dudbridge // Hum Hered. – 2008. – V. 66. – P. 87-98.

  44. de Bakker, P.I. Efficiency and power in genetic association studies / P.I. de Bakker, R. Yelenskiy, I. Pe’er e.a. // Nat Genet. – 2005. – V. 37. – P. 1217-1223.

  45. Syvanen, A.C. A primer-guided nucleotide incorporation assay in the genotyping of apolipoprotein E / A.C. Syvanen, K. Aalto-Setala, L. Harju e.a. // Genomics. – 1990. – V. 8. – P. 684–692.

  46. Chen, X., Levine, L., Kwok, P. Y. (1999) Genome Res. 9, 492–498.

  47. Livak, K. J., Marmaro, J., Todd, J. A. (1995) Nat. Genet. 9, 341–342.

  48. Tobe, V. O., Taylor, S. L., Nickerson, D. A. (1996) Nucleic Acids Res. 24, 3728–3732.

  49. Wang, D. G., Fan, J. B., Siao, C. J., Berno, A., Young, P., Sapolsky, R., Ghandour, G., Perkins, N., Winchester, E., Spencer, J., et al. (1998) Science 280, 1077–108.

  50. Howell, W. M., Jobs, M., Gyllensten, U., Brookes, A. J. (1999) Nat. Biotechnol. 17, 87–88.

  51. Mein, C. A., Barratt, B. J., Dunn, M. G., Siegmund, T., Smith, A. N., Esposito, L., Nutland, S., Stevens, H. E., Wilson, A. J., Phillips, M. S., et al. (2000) Genome Res. 10, 330–343.

  52. Pastinen, T. A system for specific, high-throughput genotyping by allele-specific primer extension on microarrays / T. Pastinen, M. Raitio, K. Lindroos e.a. // Genome Res. – 2000. – V. 10. – P. 1031–1042.

  53. Milani L. Genotyping single nucleotide polymorphisms by multiplex minisequencing using tag-arrays / L. Milano, A.C. Syvänen // Methods Mol Biol. – 2009. – V. 529. – P.215-29.

  54. Peiffer, D.A. High-resolution genomic profiling of chromosomal aberrations using Infinium whole-genome genotyping / D.A. Peiffer, J.M. Le, F.J. Steemers e.a. // Genome Res. – 2006. – V. 16. – P. 1136–1148.

  55. Syvanen A.C. From gels to chips: 'minisequencing' primer extension for analysis of point mutations and single nucleotide polymorphisms / A.C. Syvanen // Hum Mutat. – 1999. – V. 13. – P. 1–10.

  56. Fan, J. B., Chen, X., Halushka, M. K., Berno, A., Huang, X., Ryder, T., Lipshutz, R. J., Lockhart, D. J. & Chakravarti, A. (2000) Genome Res. 10, 853–860.

  57. Hirschhorn J.N. SBE-TAGS: an array-based method for efficient single-nucleotide polymorphism genotyping / J.N. Hirschhorn, P. Sklar, K. Lindblad-Toh e.a. // Proc Natl Acad Sci U S A. – 2000. – V. 97. - № 22. – P. 12164-12169.

  58. Pastinen, T. Minisequencing: a specific tool for DNA analysis and diagnostics on oligonucleotide arrays / T. Pastinen, A. Kurg, A. Metspalu e.a. // Genome Res. – 1997. – V. 7. – P. 606-614.

  59. Pasanen, T. DNA Microarray Data Analysis / T. Pasanen, J. Saarela, I. Saarikko e.a. // CSC – Scientific Computing Ltd. – 2003.

  60. Saarela, J. Genotyping systems, in DNA Microarray Data Analysis / J. Saarela; ed. by J. Tuimala, M.Minna Laine. – 2006. – P. 32-34.

  61. Shoemaker, D.D. Quantitative phenotypic analysis of yeast deletion mutants using a highly parallel molecular bar-coding strategy / D.D. Shoemaker, D.A. Lashkari, D. Morris e.a. // Nat. Genet. – 1996. – V. 14. – P. 450–456.

  62. Cai, H. Flow cytometry-based minisequencing: a new platform for high-throughput single-nucleotide polymorphism scoring / H. Cai, P.S. White, D. Torney e.a. // Genomics. – 2000. – V. 66. – P. 135-143.

  63. Lindroos, K. Multiplex SNP genotyping in pooled DNA samples by a four-colour microarray system / K. Lindroos, S. Sigurdsson, K. Johansson e.a. // Nucleic Acids Res. – 2002. – V. 30. – P. 70.

  64. Lindroos, K. Genotyping SNPs by Minisequencing Primer Extension Using Oligonucleotide Microarrays / K. Lindroos, U. Liljedahl, A.C. Syvänen // Methods in Molecular Biology/ - 2003. – V. 212. – P. 149-165.

  65. Lovmar, L. Quantitative evaluation by minisequencing and microarrays reveals accurate multiplexed SNP genotyping of whole genome amplified DNA / L. Lovmar, M. Fredriksson, U. Liljedahl e.a. // Nucleic Acids Res. – 2003. – V. 31. – P. 129.

  66. Chen, D. High-resolution high-throughput SNP mapping in Drosophila melanogaster / D. Chen, A. Ahlford, F. Schnorrer e.a. // Nature Methods. – 2007. – V. 5. – P. 323-329.

  67. Andres, O. A microarray system for Y chromosomal and mitochondrial single nucleotide polymorphism analysis in chimpanzee populations / O. Andres, A.-C. Ronn, M. Bonhomme e.a. // Mol Ecol Resources. – 2008. – V. 8. – P. 529-539.

  68. Fredriksson, M. Assessing hematopoietic chimerism after allogeneic stem cell transplantation by multiplexed SNP genotyping using microarrays and quantitative analysis of SNP alleles / M. Fredriksson, G. Barbany, U. Liljedahl e.a. // Leukemia. – 2004. – V.18. – P. 255-266.

  69. Schrijver, I. Comprehensive arrayed primer extension array for the detection of 59 sequence variants in 15 conditions prevalent among the (Ashkenazi) Jewish population / I. Schrijver, M. Külm, P.I. Gardner e.a // J Mol Diagn. – 2007. – V. 9. - № 2. – P. 228-236.

1   2   3   4   5   6   7   8   9

Похожие:

Отчет о выполнении поисковых научно-исследовательских работ по теме iconОтчет о выполнении работ по шестому этапу государственного контракта...
Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего профессионального образования
Отчет о выполнении поисковых научно-исследовательских работ по теме iconФормирование ключевых компетенций учащихся при использовании проблемных...
...
Отчет о выполнении поисковых научно-исследовательских работ по теме iconВсероссийская научно-практическая конференция с международным участием
...
Отчет о выполнении поисковых научно-исследовательских работ по теме iconУтверждаю ректор юфу, профессор Захаревич В. Г. Положение об учебно-научно-инновационном...
...
Отчет о выполнении поисковых научно-исследовательских работ по теме iconКорогодов Филипп Игоревич
...
Отчет о выполнении поисковых научно-исследовательских работ по теме iconСпециальность 02. 00. 04 «Физическая химия»
...
Отчет о выполнении поисковых научно-исследовательских работ по теме iconСельскохозяйственных животных и птицы
...
Отчет о выполнении поисковых научно-исследовательских работ по теме iconПриложение №4 к Решению Городского Совета
...
Отчет о выполнении поисковых научно-исследовательских работ по теме iconМетодические указания к семинарским занятиям
...
Отчет о выполнении поисковых научно-исследовательских работ по теме iconТема: «Экономика». В 1 Подготовка к егэ а 1
...
Отчет о выполнении поисковых научно-исследовательских работ по теме iconЧеченской молодёжи г. Грозный 2013 г
...
Отчет о выполнении поисковых научно-исследовательских работ по теме iconОбщие требования к учебному процессу
...
Отчет о выполнении поисковых научно-исследовательских работ по теме iconПрограмма Дисциплина Основное богословие до
...
Отчет о выполнении поисковых научно-исследовательских работ по теме iconТема Культура как общественное явление
...
Отчет о выполнении поисковых научно-исследовательских работ по теме iconВиды научно-исследовательских работ
Спектр научно-исследовательских работ достаточно широк. К ним относятся рефераты, доклады, контрольные работы, курсовые, итоговые,...
Отчет о выполнении поисковых научно-исследовательских работ по теме iconГотовимся к егэ. Запишите слово, пропущенное в схеме
...


Школьные материалы


При копировании материала укажите ссылку © 2013
контакты
100-bal.ru
Поиск