Термодинамическая оценка активации протеинкиназы а iα (пка iα). Анализ роли стэкинг-взаимодействия в связывании цАМФ РЕГУЛЯТОРНОЙ СУБЪЕДИНИЦЕЙ пка iα

ТЕРМОДИНАМИЧЕСКАЯ ОЦЕНКА АКТИВАЦИИ ПРОТЕИНКИНАЗЫ А Iα (ПКА Iα). АНАЛИЗ РОЛИ СТЭКИНГ-ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ В СВЯЗЫВАНИИ цАМФ РЕГУЛЯТОРНОЙ СУБЪЕДИНИЦЕЙ ПКА Iα О.Н. Рогачева1, А.В. Попов1 , E.B. Савватеева-Попова2, Б.Ф. Щеголев2 1Институт эволюционной физиологии и биохимии им. И. М. Сеченова РАН, С.Петербург, 2Институт физиологии им. И.П. Павлова РАН, С.Петербург С использованием программы докинга QUANTUM 3.3.0 и пакета квантово-химических программ Gaussian 03W (учет стэкинг-взаимодействий методом MP2/6-31G(d) SCRF=IPCM (ε=4.0)) проанализированы цАМФ-индуцированная и спонтанная активация ПКА Iα (ΔG оценены как -13.9±5.3 и +38.1±1.3 кДж/моль, соответственно). Показано, что более выгодная агонист-индуцированная активация фермента обусловлена двумя процессами: переходом регуляторной субъединицы киназы в термодинамически выгодную конформацию, реализующуюся только в присутствии лиганда (ΔG = -23.9±8.2 кДж/моль). Указанный вклад является постоянной величиной для активации киназы с помощью любого агониста повышением сродства цАМФ к связывающим сайтам ПКА Iα после сопровождающего активацию киназы изменения конформации регуляторной субъединицы (ΔG = -28.1±9.7 кДж/моль). Данный вклад зависит только от исследуемого агониста и, следовательно, в первом приближении определяет возможность различных лигандов быть эффективными активаторами ПКА Iα. В работе разработан способ оценки указанного вклада. Показано, что на заключительной стадии конформационных перестроек регуляторной субъединицы стэкинг-взаимодействие между аденином цАМФ и ароматической аминокислотой, входящей в состав цАМФ-связывающего сайта, реализуется только в А домене (E=-20.1 и +19.3 кДж/моль для А и В доменов, соответственно). Высказано предположение, что стэкинг-взаимодействие в В домене может играть важную роль на более ранних стадиях активации ПКА Iα, понижая барьер конформационного перехода регуляторной субъединицы.

Похожие:

	Цель урока: формирование понятия о ледниках, многолетней мерзлоте... Энергия. Энтропия. Химический потенциал и термодинамическая теория химического сродства		Анализ государственной итоговой аттестации учащихся моу «Гимназия №3» 2011-2012 учебный год Понятие о качестве образования. Оценка как элемент управления качеством. Традиционные и современные средства оценки (рейтинг; мониторинг;...
	Курсовая работа определение рыночной стоимости объекта недвижимости... По дисциплине: «Оценка недвижимости» (или «Экономический анализ и оценка недвижимости»)		Программа по формированию навыков безопасного поведения на дорогах... Однако, устное общение роль которого в настоящее время стала особенно значительной, невозможно без понимания речей собеседника, поскольку...
	Гносеологический анализ проблемы взаимодействия культур запада и востока Усиление взаимодействия между культурами – объективная закономерность новейшего времени. Многообразие культур		2. Модель взаимодействия открытых систем Открытые системы и модель... Целью курса является введение в проблемную область управления телекоммуникационными сетями и компаниями отрасли «Информатизация и...
	2. Модель взаимодействия открытых систем Открытые системы и модель... Целью курса является введение в проблемную область управления телекоммуникационными сетями и компаниями отрасли «Информатизация и...		Тесты по дисциплине «Анализ рисков инвестиционных проектов» Учебно-методический комплекс для студентов очной формы обучения, обучающихся по специальности 080105. 65 «Финансы и кредит», специализация...
	Учебно-методический комплекс по дисциплине комплексный экономический... Анализ результатов социального развития организации. Анализ использования материальных ресурсов и состояния их запасов. Оценка эффективности...		Программа вступительных испытаний по истории россии Максимальное количество 50 баллов.)Баллы, полученные за выполненные задания, суммируются. Максимальный балл за выполнение всей работы...
	«Оценка имущества» При изучении курса предполагается, что слушателями освоены программы курсов «Статистика», «Микроэкономика», «Экономика фирмы», «Маркетинг»,...		Программа по формированию навыков безопасного поведения на дорогах... Отчет о выполнении заданий, защита рефератов, оценка качества выполнения заданий по учебной практике (конспект урока, анализ проведения...
	Получение и характеристика трансгенных мышей с генами гемопоэтических... Получение и характеристика трансгенных мышей с генами гемопоэтических факторов человека (г-ксф и гмксф) под контролем 5’-регуляторной...		«Анализ и оценка эффективности коммерческой деятельности оптового торгового предприятия» Тема: «Анализ и оценка эффективности коммерческой деятельности оптового торгового предприятия»
	Исследование и разработка методов взаимодействия В роли глобальной сети для интернет-вещей, в настоящий момент используется сеть Интернет. Общим протоколом является ip		Исследование и разработка методов взаимодействия В роли глобальной сети для интернет-вещей, в настоящий момент используется сеть Интернет. Общим протоколом является ip