Генетическое разнообразие и филогеография печеночных сосальщиков opisthorchis f elineus и clonorchis sinensis (trematoda, opisthorchiidae) на территории россии и стран восточной азии
Скачать 294.12 Kb.
|
МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫСоздание коллекции ДНК. В ходе работы была создана коллекция, в которую вошло порядка 300 образцов ДНК, выделенной из различных представителей трематод (O. felineus, C. sinensis, O. viverrini, M. bilis M. xantosomus, P. truncatum). В данную коллекцию вошло 181 образца ДНК O. felineus и 46 образцов ДНК C. sinensis. Описторхи были собраны в 14 географических точках Восточной Европы (речные бассейны Волги, Дона, Урала) и Сибири (Обь-Иртышский бассейн и бассейн р. Енисей). Образцы C. sinensis были собраны на Дальнем Востоке России (бассейн р. Амур) и в Японии (р. Курасигава). Метацеркарии O. felineus были выделены из Leuciscus idus, Rutilus rutilus, L. leuciscus baicalensis и Scardinius erythrophthalmus.Часть метацеркарий затем была выращена до марит в лабораторных условиях путем заражения золотистого хомячка Mesocricetus auratus. Метацеркарии C. sinensis, были выделены из Phoxinus percnurus, Rhodeus sericeus, Elopichthys bambusa и Pseudorasbora parva и культивировались в крысах Rattus norvegicus. Одного лабораторного животного заражали метацеркариями только из одной популяции. ДНК выделяли фенол/хлороформным методом (Sambrook, Fritsch, Maniatis, 1989). Определение нуклеотидной последовательности (генотипирование образцов). Для амплификации и секвенирования фрагментов cox1, ITS1 и ITS2 были разработаны универсальные для семейства Opisthorchiidae праймеры. Для электрофоретического разделения продуктов ПЦР и рестрикционных фрагментов использовали 0,5-1,5% агарозные гели. Секвенирование фрагментов проводили по методу Сэнгера при помощи BigDye terminator cycle sequencing kit (Applied Biosystems). Статистическая обработка данных. Внутривидовое разнообразие было оценено с помощью стандартных статистик: количество гаплотипов (H), количество полиморфных позиций (S), гаплотипическое (генное) разнообразие (Hd) и нуклеотидное разнообразие (π). Расчеты проводили с помощью программы DnaSP 4.5 (Rozas [et al.], 2003). Медианные сети гаплотипов были сконструированы с использованием алгоритма median joining в программе Network 4.6 (Bandelt, Forster, Röhl, 1999). Степень дифференциации между популяциями и видами оценивали с использованием попарных индексов фиксации (Fst) (Hudson, Slatkin, Maddison, 1992), которые были рассчитаны в программе Arlequin 3.1 (Excoffier, Laval, Schneider, 2005). Проверку гипотезы об изоляции популяций расстоянием проводили с помощью теста Мантела (сравнение матриц Fst и географических расстояний между популяциями), реализованного на интернет-ресурсе IBDWS 3.21 (Jensen, Bohonak, Kelley, 2005). Для выявления генетически однородных групп была использована Байесовская статистика. Расчеты проводили в программе Structure v2.3.3 (Hubisz [et al.], 2009; Pritchard, Stephens, Donnelly, 2000). Для определения количества генетически однородных групп мы использовали интернет-ресурс Structure Harvester (Earl, VonHoldt, 2011), на котором реализован метод Evanno (Evanno, Regnaut, Goudet, 2005). Иерархическую популяционную структуру видов, основанный на географическом разделении популяций, оценивали с помощью анализа молекулярной дисперсии (AMOVA). Анализ был проведен с использованием программы Arlequin 3.1. Индексы нейтральности нуклеотидных замен Tajima’s D (Tajima, 1989) и Fu’s Fs (Fu, 1997) рассчитывали в программе DnaSP 4.5. Анализ распределения попарных генетических различий (Rogers, Harpending, 1992) проводили в программе DnaSP 4.5. Для оценки популяционно-генетической структуры C. sinensis кроме собственных данных были взяты последовательности фрагментов cox1 и ITS1 из Genbank (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank). Таким образом, была получена информация о 230 особях из популяций, локализованных в бассейнах рек Да (северный Вьетнам), Чжуцзян, Янцзы, Хуайхэ, Ляохэ, Сунгари (Китай) и водоемов Южной Кореи. Филогенетический анализ. Филогенетический анализ был проведен в программе MEGA 5 (Tamura [et al.], 2007) с использованием различных алгоритмов (Neighbor-joining, Maximum Parsimony и Maximum Likelihood). Оценку надежности филогенетического дерева проводили с помощью бутстрэп-анализа с 1000 репликами. В качестве модели эволюции ДНК использовали двухпараметрическую модель Kimura, которая была подобрана в этой же программе. |
Похожие:
 | Программа учебной дисциплины Социально-политические системы стран... Получить глубокие и разносторонние знания о социально-политической системе стран Восточной Азии; научиться применять полученные знания... | | Транспортное сообщение с Россией Государство в Восточной Азии. Занимает третье место в мире по территории, уступая России и Канаде |
| Программа учебной дисциплины Этнология Восточной Азии рабочая программа Восточной Азии, об их традиционных социальных институтах и культуре и их трансформациях в ХХ – начале XXI в.; научить студентов применять... | | Рабочая программа дисциплины история стран Азии и Африки (середина... Азии к началу эпохи колониализма, реакции восточных стран на политику европейских государств, ранним буржуазным революциям в Иране,... |
| Программа дисциплины дпп. Ф. 04 Новая и новейшая история зарубежных... Цель дисциплины «Новая история стран Азии и Африки» ознакомить студентов с особенностями и основными тенденциями развития стран Азии... |  | Программа дисциплины дпп. Ф. 04 Новая и новейшая история зарубежных... Цель дисциплины «Новейшая история стран Азии и Африки» – познакомить студентов с основными закономерностями и спецификой политического... |
| Программа дисциплины дпп. Ф. 04 Новая и новейшая история зарубежных... Цель дисциплины «Новейшая история стран Азии и Африки» – познакомить студентов с основными закономерностями и спецификой политического... | | Программа дисциплины дпп. Ф. 04 Новая и новейшая история зарубежных... Цель дисциплины «Новая история стран Азии и Африки» ознакомить студентов озо с особенностями и основными тенденциями развития стран... |
| Программа дисциплины «Экономика и политика стран юго-восточной азии»... Государственное образовательное бюджетное учреждение высшего профессионального образования | | Программа дисциплины дпп. 02. 1 Новая история стран востока цели... Цель дисциплины «Новая история стран Азии и Африки» ознакомить бакалавров с особенностями и основными тенденциями развития стран... |
| Программа дисциплины «Экономика и политика стран юго-восточной азии»... Государственное образовательное бюджетное учреждение высшего профессионального образования | | Доклад Секретариата: «Перспективы взаимодействия Израиля и других... Большим успехом стало создание зон, свободных от ядерного оружия («безъядерных зон») в Латинской Америке и Карибском бассейне, южной... |
| «История стран Азии и Африки» И. Б. Бочкарева (раздел III «История стран Азии и Африки в новое время», раздел IV «Новейшая история стран Азии и Африки. Ч. 1») | | Программа дисциплины «Экономика и политика стран Юго-Восточной Азии» Программа предназначена для преподавателей, ведущих данную дисциплину, учебных ассистентов и студентов направления 030700. 62 «Международные... |
| Учебно-методический комплекс по дисциплине новая и новейшая история... Новая история стран Азии и Африки (1500-1918): Программа курса. Семинарские занятия. Тематика курсовых и дипломных работ. Методические... | | Методические рекомендации по курсу «История стран Азии и Африки»... Тема «История стран Азии и Африки»: предмет, структура, основные проблемы курса |
