Генетическое разнообразие и филогеография печеночных сосальщиков opisthorchis f elineus и clonorchis sinensis (trematoda, opisthorchiidae) на территории россии и стран восточной азии

Скачать 294.12 Kb.

Название	Генетическое разнообразие и филогеография печеночных сосальщиков opisthorchis f elineus и clonorchis sinensis (trematoda, opisthorchiidae) на территории россии и стран восточной азии
страница	3/5
Дата публикации	20.12.2014
Размер	294.12 Kb.
Тип	Автореферат

100-bal.ru > Биология > Автореферат

1 2 3 4 5

РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ

1. Нуклеотидный полиморфизм ДНК митохондриального (cox1) и ядерных (ITS1, ITS2) маркерных фрагментов у эпидемиологически значимых описторхид.

В данной работе был проанализирован полиморфизм митохондриального и ядерных маркерных фрагментов у O. felineus и C. sinensis: внутренний транскрибируемый рибосомальный спейсер 1 (ITS1) и 2 (ITS2) и фрагмент гена cox1 (260 п.н. для O. felineus и 276 п.н. для C. sinensis). Для этого были разработаны универсальные для семейства описторхид праймеры. Длина рибосомального маркерного фрагмента ITS2 составила 539 п.н для обоих видов. ITS1 - 481 п.н. для O. felineus и 450 и 455 п.н. для C. sinensis. В последнем случае различие фрагментов ITS1 по длине объясняется разной представленностью повтора (GCCTG). В ряде случаев была выявлена гетерогенность маркера внутри одной особи (7 случаев для ITS1, 4 – для cox1 и 41 – для ITS2), которая может быть следствием гетерозиготности или неполной гомогенизация рибосомального кластера и гетероплазмии митохондриального генома. В подобных случаях реконструкция гаплотипов проводилась с использованием алгоритма PHASE.

Анализ 181 образца O. felineus выявил 16 вариабельных позиций для маркера cox1, 4 для ITS1 и 6 для ITS2. Анализ 230 образцов C. sinensis по двум маркерам, выявил 20 полиморфных сайтов для cox1 и 22 для ITS1.

Полученные данные по нуклеотидному полиморфизму маркерных фрагментов ДНК у эпидемиологически значимых описторхид позволили разработать методы их видовой идентификации, а также исследовать популяционно-генетическую структуру O. felineus и C. sinensis. Поскольку маркерный фрагмент ITS2 характеризовался значительной гетерогенностью у отдельных особей, было сделано заключение о непригодности данного маркера для популяционно-генетических исследований.

2. Разработка молекулярно-генетической системы для видовой идентификации патогенных для человека описторхид.

Полученные данные по полиморфизму маркерного фрагмента ДНК ITS2 были использованы для разработки двух методов идентификации патогенных описторхид России.

Первый метод был основан на видоспецифической ПЦР. Метод разрабатывался для идентификации двух видов описторхид, актуальных для Западной Сибири - O. felineus и M. bilis. Были подобраны видоспецифичные праймеры, продукт амплификации которых отличается на 140 п.н. (408 п.н. у O. felineus и 268 п.н. у M. bilis) (Рисунок ).

Рисунок . Электрофореграмма продуктов видоспецифической ПЦР. 1 – ДНК-маркер, 2 – ДНК M. bilis, 3 – ДНК O. felineus, 4 – ДНК обоих видов.
Метод видоспецифической ПЦР был апробирован на клиническом материале, предоставленном томскими коллегами из СибГМУ. Было проанализировано 37 образцов кала от пациентов с диагнозом описторхоз, подтвержденным копроовоскопически. Во всех случаях мы молекулярно подтвердили поставленный диагноз. Кроме того, у трех пациентов был обнаружен сопутствующий меторхоз.

Данный метод был аппробирован в мультиплексном формате, что значительно упростило проведение анализа.

Второй метод основан на ПЦР-ПДРФ-анализе. Он заключается в обработке специально подобранными рестриктазами фрагмента ITS2, амплифицированного с универсальных праймеров, с последующей электрофоретической оценкой длин рестрикционных фрагментов. Рестриктазы были подобраны таким образом, что после рестрикции получали набор фрагментов разной длины, специфичный для каждого из трех видов (Рисунок ).

itsexrflpsketch

Рисунок . Идентификация трех наиболее распространенных на территории России описторхидозов методом ПЦР-ПДРФ. Слева - структура амплифицируемого фрагмента рибосомального кластера и места расположения в нем сайтов рестрикции (AluI и MspI) у разных видов. Справа - электрофореграмма продуктов рестрикции амплифицированного фрагмента.
Таким образом, были разработаны два метода дифференциальной ДНК-идентификации патогенных описторхид России, потенциально применимые в медицине.

1 2 3 4 5

Похожие:

	Программа учебной дисциплины Социально-политические системы стран... Получить глубокие и разносторонние знания о социально-политической системе стран Восточной Азии; научиться применять полученные знания...		Транспортное сообщение с Россией Государство в Восточной Азии. Занимает третье место в мире по территории, уступая России и Канаде
	Программа учебной дисциплины Этнология Восточной Азии рабочая программа Восточной Азии, об их традиционных социальных институтах и культуре и их трансформациях в ХХ – начале XXI в.; научить студентов применять...		Рабочая программа дисциплины история стран Азии и Африки (середина... Азии к началу эпохи колониализма, реакции восточных стран на политику европейских государств, ранним буржуазным революциям в Иране,...
	Программа дисциплины дпп. Ф. 04 Новая и новейшая история зарубежных... Цель дисциплины «Новая история стран Азии и Африки» ознакомить студентов с особенностями и основными тенденциями развития стран Азии...		Программа дисциплины дпп. Ф. 04 Новая и новейшая история зарубежных... Цель дисциплины «Новейшая история стран Азии и Африки» – познакомить студентов с основными закономерностями и спецификой политического...
	Программа дисциплины дпп. Ф. 04 Новая и новейшая история зарубежных... Цель дисциплины «Новейшая история стран Азии и Африки» – познакомить студентов с основными закономерностями и спецификой политического...		Программа дисциплины дпп. Ф. 04 Новая и новейшая история зарубежных... Цель дисциплины «Новая история стран Азии и Африки» ознакомить студентов озо с особенностями и основными тенденциями развития стран...
	Программа дисциплины «Экономика и политика стран юго-восточной азии»... Государственное образовательное бюджетное учреждение высшего профессионального образования		Программа дисциплины дпп. 02. 1 Новая история стран востока цели... Цель дисциплины «Новая история стран Азии и Африки» ознакомить бакалавров с особенностями и основными тенденциями развития стран...
	Программа дисциплины «Экономика и политика стран юго-восточной азии»... Государственное образовательное бюджетное учреждение высшего профессионального образования		Доклад Секретариата: «Перспективы взаимодействия Израиля и других... Большим успехом стало создание зон, свободных от ядерного оружия («безъядерных зон») в Латинской Америке и Карибском бассейне, южной...
	«История стран Азии и Африки» И. Б. Бочкарева (раздел III «История стран Азии и Африки в новое время», раздел IV «Новейшая история стран Азии и Африки. Ч. 1»)		Программа дисциплины «Экономика и политика стран Юго-Восточной Азии» Программа предназначена для преподавателей, ведущих данную дисциплину, учебных ассистентов и студентов направления 030700. 62 «Международные...
	Учебно-методический комплекс по дисциплине новая и новейшая история... Новая история стран Азии и Африки (1500-1918): Программа курса. Семинарские занятия. Тематика курсовых и дипломных работ. Методические...		Методические рекомендации по курсу «История стран Азии и Африки»... Тема «История стран Азии и Африки»: предмет, структура, основные проблемы курса

Школьные материалы