Рекомендуемая литература
Основная
Щелкунов С.Н. Генетическая инженерия: Учеб-справ. Пособие. – 3-е изд. Новосибирск. 2008. 514 с.
Генная инженерия растений. Лабораторное руководство. – М.: Мир, 1991. – 408 с.
Пирузян Э.С., Андрианов В.М. Плазмиды агробактерий и генетическая инженерния растений. М.: Наука, 1985. 280 с.
Молекулярно-генетические и биохимические методы в современной биологии растений / под ред. Вл. В. Кузнецова, В.В. Кузнецова, Г.А. Романова. – М.: БИНОМ. Лаборатория знаний, 2012. – 487 с. : ил. – (Методы в биологии).
Дополнительная
Mikulits W, Chen D., Mfillner E.W. Dexamethasone inducible gene expsion optims by glucocorticoid antagonists // Nucleic Acids Research, 1995, V. 23. P. 2342-2343.
Зверева С. Д., Романов Г. А. Репортерные гены для генетической инженерии растений: характеристика и методы тестирования // Физиология растений. 2000. 47, 3: 479-488.
Кулуев Б.Р. Каулимовирусы и их полногеномные промоторы // Биомика. 2013.
Наумкина Е.М., Болякина Ю.П., Романов Г.А. Органоспецифичность и индуцибельность функционирования промотора пататина класса 1 картофеля в трансгенном арабидопсисе // Физиология растений. Т.54. 2007. С. 397-408.
Вопросы к зачету
1. Получение трансгенных и транспластомных растений методом баллистической трансформации.
2. Электропорация и ПЭГ-трансформация протопластов.
3. Корончатые галлы и бородатые корни – опухоли растений. Agrobacterium tumefaciensи Agrobacterim rhizogenes.
4. Строение Ti- и Ri-плазмид.
5. Перенос Т-ДНК в геном растений.
6. Агробактериальная трансформация растений
7. Получение трансгенных растений из бородатых корней.
8. Использование Ti плазмид A. tumefaciens для создания трансгенных растений.
9. Коинтегративная векторная система.
10. Бинарная векторная система.
11. Маркерные и селективные гены, используемые в генной инженерии растений.
12. Конститутивные промоторы, используемые в генной инженерии растений.
13. Ткане- и органоспецифичные растительные промоторы.
14. Индуцибельные растительные промоторы.
15. Целевые гены, используемые при создании трансгенных растений.
16. Применение методов качественной и количественной ПЦР для анализа экспрессии генов в трансгенных растениях.
17. Применение метода саузерн-блот гибридизации при изучении трансгенных растений.
18. Определение отностительного содержания транскриптов генов растений с помощью ОТ-ПЦР.
19. Применение методов одномерного и двумерного электрофорезов белковых молекул при исследовании трансгенных растений.
20. Использование метода вестерн-блот-гибридизации для анализа экспрессии трансгена на белковом уровне.
21. Основные направления модификации хозяйственно-ценных растений.
22. Биобезопасность трансгенных растений.
Перечень тем рефератов
1. Метод агробактериальной трансформации.
2. Метод биобаллистики.
3. Электропорация протопластов растений.
4. Транспластомные растения.
5. Применеие Agrobacterim rhizogenes для получения композитных и трансгенных растений.
6. Ti плазмида.
7. Коинтегративная векторная система.
8. Бинарная векторная система.
9. Маркерные и селективные гены в растилеьной биотхенологии.
10. Репортерные гены для генетической инженерии растений.
11. Зеленый флюресцентный белок GFP.
12. Конститутивные растительные промоторы.
13. Тканеспецифичные растительные промоторы.
14. Индуцибельные растительные промоторы.
15. Количественный ОТ-ПЦР в реальном времени.
16. Основные направления модификации хозяйственно-ценных растений.
17. Биобезопасность трансгенных растений.
Факультативные дисциплины
Достижения транкриптомики, протеомики и метаболомики в науке о растениях (ФД.А.01) (64 часа)
№
|
Раздел дисциплины (количество часов самостоятельной работы)
|
Задания по самостоятельной работе аспирантов
|
Рекомендуемая литература
|
Форма контроля
самост. работы
|
1
|
Методы оценки экспрессии генов растений
(32 ч)
|
Проработать лекцию, рекомендов. литературу
|
[1, 2, 3, 6, 7, 8]
|
Тестовая
контрольная
работа
|
2
|
Современные подходы к коли-чественной оце-нке раститель-ных белков
(16 ч)
|
Проработать лекцию, рекомендов. литературу
|
[3, 5, 8]
|
Тестовая
контрольная
работа
|
3
|
Количественная оценка низкомо-лекулярных ме-таболитов растений (16 ч)
|
Проработать лекцию, рекомендов. литературу
|
[2, 4]
|
Тестовая
контрольная
работа
|
Рекомендуемая литература
J. Sambrook, E.F. Fritsch, T.Maniatis. Molecular Cloning. A Laboratory Manual. Cold Spring Harbour Laboratory Press, 1989. 452 p.
Janz D., Behnke K., Schnitzler J.-P., Kanawati B., Schmitt-Kopplin Ph., Polle A. Pathway analysis of the transcriptome and metabolome of salt sensitive and tolerant poplar species reveals evolutionary adaptation of stress tolerance mechanisms // BMC Plant Biology. 2010. V. 10. P. 1-7.
Mackay V. L., Li X. H., Flory M. R., Turcott E., Law G. L., Serikawa K. A., Xu X. L., Lee H., Goodlett D. R., Aebersold R., Zhao L. P., Morris D. R. Gene expression analyzed by high-resolution state array analysis and quantitative proteomics // Mol. Cell. Proteomics. 2004. V. 3. P. 478-489.
Shulaev V., Cortes D., Miller G., Mittler R. Metabolomics for plant stress response // Physiol. Plant. 2008. V. 132. P. 199-208.
Taylor N.L., Tan Y.-F., Jacoby R.P., Millar A.H. Abiotic environmental stress induced changes in the Arabidopsis thaliana chloroplast, mitochondria and peroxisome proteomes // Journal of Proteomics. 2009. V. 72. P. 367-378.
Zeller G., Henz S.R., Widmer C.K., Sachsenberg T., Gunnar R., Weigel D., Laubinger S. Stress-induced changes in the Arabidopsis thaliana transcriptome analyzed using whole-genome tiling arrays // Plant Journal. 2009. V. 58. P. 1068–1082.
Ермилова Е.В., Залуцкая Ж.М., Лапина Т.В., Матвеева Т.В. Количественный анализ экспрессии генов. Учебное пособие. СПб.: ТЕССА, 2010. 104 с.
Молекулярно-генетические и биохимические методы в современной биологии растений / под ред. Вл.В. Кузнецова и др. 2012. 487 с.
Вопросы к зачету
Методы оценки транскрипционной активности генов.
Принцип метода Нозерн-блот-гибридизации.
Принцип метода полимеразной цепной реакции после обратной транскрипции (ОТ-ПЦР). Особенности метода ПЦР в режиме реального времени.
Анализ экспрессии генов с помощью ДНК-микрочипов (DNA-microarray).
Принципы методов одномерного и двумерного электрофореза белков.
Обнаружение и локализация белков в гелях. Методы окрашивания гелей.
Метод Вестерн-блот-гибридизации. Этапы проведения анализа белков с помощью Вестерн-блот-гибридизации и особенности метода.
Методы хроматографии для оценки вторичных метаболитов растений.
Принципы методов газожидкостной и высоко-эффективной жидкостной хроматографии.
Методы гистохимии в идентификации и локализации суберина, лигнина и других фенольных соединений в растительных тканях.
Автофлуоресценция растительных полимеров – продуктов вторичного метаболизма.
Наиболее распространенные красители, используемые для количественной оценки содержания и локализации вторичных метаболитов в тканях растений.
Фитогормоны в регуляции неспецифической устойчивости растений (ФД.А. 02)
(64 часа)
№
|
Раздел дисциплины (количество часов самостоятельной работы)
|
Задания по самостоятельной работе аспирантов
|
Рекомендуемая литература
|
Форма контроля
самост. работы
|
1
|
Фитогормоны и их сигналинг
(25 ч)
|
Проработать лекцию, рекомендов. литературу
|
[1, 2, 4, 5, 7. 10-12, 15, 18, 19]
|
Тестовая
контрольная
работа
|
2
|
Участие АБК в регуляции стресс-устойчивости
(25 ч)
|
Проработать лекцию, рекомендов. литературу
|
[1-4, 7-19, 16, 17]
|
Тестовая
контрольная
работа
|
3
|
Салицилат-, жасмонат- и этилен - индуцированная системная устойчивость
(25 ч)
|
Проработать лекцию, рекомендов. литературу
|
[6-8, 10, 12-18]
|
Тестовая
контрольная
работа
|
4
|
Значение других гормонов в регуляции устойчивости растений (25 ч)
|
Проработать лекцию, рекомендов. литературу
|
[1-3, 8, 9, 13, 16-18]
|
Тестовая
контрольная
работа
|
Рекомендуемая литература
Argueso CТ, Ferreira FJ, Kieber JJ Environmental perception avenues: the interaction of cytokinin and environmental response pathways // Plant Cell Environ. 2009. V. 32. P. 1147–1160.
Bajguz A, Hayat S. Effects of brassinosteroids on the plant responses to environmental stresses. Plant Physiol Biochem // 2009. V. 47. P. 1-8.
Bari R., Jones J.D.G. Role of plant hormones in plant defence responses// Plant. Mol. Biol. 2009. V. 69. P.473-488.
Browse J. Jasmonate passes muster: a receptor and targets for the defense hormone // Annu. Rev. Plant Biol. 2009. V. 60. P. 183-205.
Fan L.-M. et al. Gibberellin Signal Transduction in Rice // J. Integr. Plant Biol. 2007. V. 49. P. 731-741.
Hayat Q, Hayat S, Irfan M, Ahmad A. Effect of exogenous salicylic acid under changing environment: a review // Environ. Exp. Bot. 2010. V. 68. P. 14–25.
Rock CD, Sakata Y, Quatrano RS Stress signaling I: The role of abscisic acid (ABA). In: Pareek A, Sopory SA, Bohner HJ, Govindjee (eds) Abiotic stress adaptation in plants: physiological, molecular and genomic foundation. Springer, Dordrecht. 2010. P. 34-73.
Shakirova F.M., Avalbaev A.M., Bezrukova M.V., Fatkhutdinova R.A., Maslennikova D.R., Yuldashev R.A., Allagulova C.R., Lastochkina O.V. Hormonal intermediates in the protective action of exogenous phytohormones in wheat plants under salinity. Ch. 9. In. Phytohormones and Abiotic Stress Tolerance in Plants. Ed. N.A. Khan, R. Nazar, N. Iqbal, N.A. Anjum. Springer. 2012. P. 185-228.
Shakirova FM, Avalbaev AM, Bezrukova MV, Kudoyarova GR. Role of endogenous hormonal system in the realization of the antistress action of plant growth regulators on plants // Plant Stress. 2010. V. 4. P. 32-38.
Vicente M.R-S., Plasencia J. Salicylic acid beyond defence: its role in plant growth and development // J. Exp. Bot. 2011. V. 28. P.1-18.
Woodward A.W., Bartel B. Auxin: regulation, action, and interaction // Annals of Botany. 2005. V. 95. P. 707–735.
Zhu Z., Guo H. Genetic Basis of Ethylene Perception and Signal Transduction in Arabidopsis // J. Integr. Plant Biol. 2008, V. 50.P. 808–815.
Веселов Д.С., Веселов С.Ю., Высоцкая Л.Б., Кудоярова Г.Р., Фархутдинов Р.Г. Гормоны растений. Регуляция концентрации и связь с ростом и водным обменом. М. Наука. 2007. 157 с.
Колупаев Ю.Е., Карпец Ю.В. Формирование адаптивных реакций растений на действие абиотических стрессоров. Киев: Основа, 2010. 352 с.
Медведев С.С., Шарова Е.И. Биология развития растений. В двух томах. Том 1. Начала биологии развития растений. Фитогормоны. Изд-во СПб ун-та. 2011. 253 с.
Титов А.Ф., Таланова В.В. Устойчивость растений и фитогормоны. Петрозаводск: Институт биологии КарНЦ РАН. 2009. 206 с.
Шакирова Ф.М. Неспецифическая устойчивости растений к стрессовым факторам и ее регуляция. Уфа: Изд-во Гилем. 2001. 160 с.
Шакирова Ф.М. Сигналинг фитогормонов. Глава в кн. «Клеточная сигнализация». С. 56-67.Ред. А.Н. Гречкин. ФЭН, 2010
Шишова М.Ф., Танкелюн О.В., Емельянов В.В., Полевой В.В. Рецепция и трансдукция сигналов у растений. Изд-во СПб ун-та. 2008. 263 с.
Вопросы к зачету
Роль гормональной системы в регуляции жизнедеятельности растений.
Понятие о фитогормонах.
Критерии фитогормонов.
Классы фитогормонов.
Структура гормонов растений.
Основные функции фитогормонов.
Метаболизм фитогормонов.
Рецепторы фитогормонов и их локализация.
Роль рецепторов в восприятии и передаче гормональных сигналов в регуляции экспрессии генов.
Гормональная регуляция транскрипции у растений.
Роль АБК в регуляции устойчивости растений к абиотическим стрессам.
Салициловая кислота как индуктор неспецифической устойчивости растений.
Жасмонат- и этилен-индуцированная системная устойчивость.
Участие цитокининов в регуляции стресс-устойчивости растений.
Брассиностероиды в устойчивости растений к стрессовым факторам разной природы.
Особенности функционирования фитогормонов в единой системе гормональной регуляции физиологических процессов растений в норме и при стрессе.
Применение иммунохимических методов в физиологии растений (ФД.А.03) (64 часа)
№
|
Раздел дисциплины (количество часов самостоятельной работы)
|
Задания по самостоятельной работе аспирантов
|
Рекомендуемая литература
|
Форма контроля
самост. работы
|
1
|
Получение анти-тел и иммуно-анализ белков и гормонов рас-тений (16 ч)
|
Проработать лекцию, рекомендов. литературу
|
[8, 10]
|
Тестовая
контрольная
работа
|
2
|
Иммуноанализ в изучении количественных изменений белков и фитогормонов
(16 ч)
|
Проработать лекцию, рекомендов. литературу
|
[7 - 10]
|
Тестовая
контрольная
работа
|
3
|
Иммуногистохимические методы. Приготовление срезов тканей растений и способы выявления антигена на срезах (16 ч)
|
Проработать лекцию, рекомендов. литературу
|
[1, 9]
|
Тестовая
контрольная
работа
|
4
|
Достижения современных микроскопических методов при изучении растений (16 ч)
|
Проработать лекцию, рекомендов. литературу
|
[1 - 5, 9]
|
Тестовая
контрольная
работа
| |
