Методические указания
Скачать 31.73 Kb.
|
| Методические указания Часть действий исполняется на kodomo-count в операционной системе Linux. С помощью putty зайдите на kodomo-count и перейдите в свою директорию Practice5. На kodomo-count установлен универсальный пакет программ для биоинформатики EMBOSS (http://emboss.sourceforge.net/) . Он может быть установлен и под Windows на домашнем компьютере (ftp://emboss.open-bio.org/pub/EMBOSS/windows/) . Ниже команды из этого пакета отмечены. Для сохранения PDB-файлов создайте поддиректорию pdb (маленькие буквы) в директории Practice5. PDB-файлы, и только их, сохраняйте в этой поддиректории. Так удобно! Задание 1. Как быстро получить PDB-файл, зная PDB-код? (i) (kodomo-count ): get_pdb код> Например get_pdb 1xyz (1xyz – PDB код) Подсказка get_pdb -h (ii) (Интернет, хлопотнее) http://www.rcsb.org/pdb Как получить последовательность из PDB-файла? (i) (kodomo-count ): pdb_to_fasta -f файл> [ © Борис Нагаев ] Например pdb_to_fasta 1xyz.ent (1xyz.ent – имя файла) Подсказка pdb_to_fasta -h Программа выдает последовательности всех белков и нуклеиновых кислот, имеющихся в файле. Нужную следует выбрать и добавить в файл XXXXXX_prot.fasta с двумя последовательностями из пактикума 4. Внимание! Аминокислотные остатки белка, отсутствующие в структуре, заменены буквами “X”. (ii) (Интернет, хлопотнее) http://www.rcsb.org/pdb Как построить выравнивание нескольких последовательностей? (kodomo-count ) muscle -in <файл с последовательностями в fasta-формате> -out XXXXXXX_3.msf Например muscle -in Ivanov_prot.fasta -out Ivanov_3.fasta Подсказка muscle -h Внимание! Результат – выравнивание в fasta формате! i Далее импортировать файл Ivanov_3.fast в Genedoc и сохранить в формате msf. Вариант: перевести файл Ivanov_3.fasta с выравниванием в msf формат: (kodomo-count, EMBOSS) seqret <имя файла> <имя выходного файла с указанием формата> Например seqret Ivanov_3.fasta msf::Ivanov_3.msf Подсказка seqret -h Внимание! Формат задается “msf::”, а вовсе не расширением в имени файла. Как посмотреть структуру, найти в ней остаток, сделать рисунок? Rasmol, См. семестр 1. Как решить, что мутация вредна для белка и, следовательно, организма? См. конспект лекции, записанный вами, а также презентацию. Задание 2. Повторите необходимые команды для второго PDB-файла. Сохраните в одном файле XXXXXXX_2.fasta последовательности двух указанных белков из PDB файлов . Внимание! Не все найденные нами пары (ваш белок, его родственник), указанные в списке, равноценны по сложности, и не все проверены нами до конца. Поэтому если вас не все устраивает в данном вам примере, например, все слишком просто, то, по договоренности с преподавателем можете выбрать другую пару из списка. Как проверить выравнивание по структурным данным? (kodomo-count) geometrical-core -i <выравнивание в формате fasta> -g <результат в формате msf> -p <результат в формате PDB> [ © Борис Нагаев ] Например geometrical-core -i Ivanov_2.fasta -g Ivanov_YYYY_ZZZZ.msf -p Ivanov_YYYY_ZZZZ.ent Подсказка geometrical-core -h Требование к входному файлу: имена последовательностей должны совпадать с PDB-кодами, например, >1zuw_A (chain A from PDB-file 1zuw) Дополнительные возможности этой программы см. в подсказке. Программа делает вот что. Она находит один или несколько участков выравнивания двух (или нескольких) последовательностей таких, что все вместе эти участки в одной структуре расположены так же, как в другой структуре. Результат называется основным геометрическим ядром. Этим дело не ограничивается: программа повторяет ту же процедуру, стартуя с тех участков выравнивания, которые не вошли в основное геометрическое ядро. Найденное второе геометрическое ядро называется альтернативным. Может найтись и третье альтернативное ядро. Если вам удалось понять, зачем нужно искать альтернативные геометрические ядра, то это круто! Прокомментируйте в протоколе. Результат программы – в нескольких файлах. Во-первых, в выравнивание добавляются строчки, по одной на каждое геометрическое ядро. Буквами “N” отмечены остатки, которые вошли в данное геометрическое ядро. Следует считать , что выравнивание этих остатков подтверждено структурными данными. Более того, если выравнивание в позиции i подтверждено структурными данными, выравнивание в позиции i+2 тоже подтверждено структурными данными и в позиции i+1 символов гэпа, то можно считать, что и в позиции i+1 выравнивание также подтверждено структурными данными (“заливка маленьких дыр”). i muscle умеет выдавать результат и в msf формате (см. подсказку). К сожалению, muscle не до конца изучил msf формат . Поэтому иногда построенный им файл в формате msf не открывается другими программами. |
Добавить документ в свой блог или на сайт
Похожие:
 | Методические указания по выполнению, оформлению и защите выпускной... Методические указания предназначены в помощь студентам, преподавателям и научным руководителям работ | | Методические указания к самостоятельной работе Красноярск Методические указания предназначены для студентов, обучающихся по специальности «Биохимия» |
| Методические указания к семинарским занятиям Красноярск Методические указания предназначены для студентов, обучающихся по специальности «Биохимия» |  | Методические указания к самостоятельной работе Красноярск Методические указания предназначены для студентов, обучающихся по направлению «Биология» |
| Методические указания к семинарским занятиям Красноярск Методические указания предназначены для студентов, обучающихся по направлению «Биология» | | Методические указания Выпускная квалификационная работа : Методические указания / М. Р. Ерофеева, И. В. Камышникова. – Братск : гоу впо «БрГУ», 2009. 57... |
| Методические указания по изучению учебного материала 15-56 Методические указания составлены в соответствии с требованиями Федерального государственного образовательного стандарта | | Методические указания по проведению практических занятий Методические указания рассмотрены и одобрены на заседании кафедры технологий в сервисе и туризме |
| Методические указания к семинарским занятиям Красноярск Методические указания предназначены для студентов, обучающихся по направлению 011200 «Физика» | | Практикум по экономике труда часть 1 Методические указания Методические указания разработаны канд экон наук, ст преподавателем Л. П. Пулькиной |
| Методические указания по выполнению самостоятельной работы Методические указания разработаны на основе фгос по специальности 26. 05. 05 «Судовождение» | | Методические указания по выполнению практического занятия №1 5 Методические указания разработаны на основе фгос по специальности 26. 05. 05 «Судовождение» |
| Методические указания по выполнению практического занятия №9 Методические указания разработаны на основе фгос по специальности 26. 05. 05 «Судовождение» | | Методические указания по выполнению практического занятия №2 Методические указания разработаны на основе фгос по специальности 26. 05. 05 «Судовождение» |
| Методические указания по выполнению практического занятия №1 6 Методические указания разработаны на основе фгос по специальности 26. 05. 05 «Судовождение» | | Методические указания по выполнению практического занятия №4 Методические указания разработаны на основе фгос по специальности 26. 05. 05 «Судовождение» |
