Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «вектор» Информационный мониторинг эпидемиологической ситуации по оови в мире и России Бюллетень №5
Скачать 0.71 Mb.
|
Возникновение заболевания, вызванного вирусом Эбола Заир, в Гвинее - предварительный отчет. Emergence of Zaire Ebola Virus Disease in Guinea — Preliminary Report Sylvain Baize, Ph.D., Delphine Pannetier, Ph.D., Lisa Oestereich, M.Sc., Toni Rieger, Ph.D., Lamine Koivogui, Ph.D., N’Faly Magassouba, Ph.D., Barrè Soropogui, M.Sc., Mamadou Saliou Sow, M.D., Sakoba Keïta, M.D., Hilde De Clerck, M.D., Amanda Tiffany, M.P.H., Gemma Dominguez, B.Sc., Mathieu Loua, M.D., Alexis Traoré, M.D., Moussa Kolié, M.D., Emmanuel Roland Malano, M.D., Emmanuel Heleze, M.D., Anne Bocquin, M.Sc., Stephane Mély, M.Sc., Hervé Raoul, Ph.D., Valérie Caro, Ph.D., Dániel Cadar, D.V.M., Ph.D., Martin Gabriel, M.D., Meike Pahlmann, Ph.D., Dennis Tappe, M.D., Jonas Schmidt-Chanasit, M.D., Benido Impouma, M.D., Abdoul Karim Diallo, M.D., Pierre Formenty, D.V.M., M.P.H., Michel Van Herp, M.D., M.P.H., Stephan Günther, M.D. Принадлежность авторов указана в Приложении. Запросы о копиях следует присылать на имя Dr. Günther, the Bernhard Nocht Institute for Tropical Medicine, Bernhard Nocht Str. 74, 20359 Hamburg, Germany, или на адрес guenther@bni.uni-hamburg.de. Статья опубликована 16 апреля 2014 года в NEJM.org. DOI: 10.1056/NEJMoa1404505 Реферат: В марте 2014 года Всемирная организация здравоохранения была уведомлена о вспышке в Гвинее инфекционного заболевания, характеризующегося лихорадкой, тяжелой диареей, рвотой и высоким уровнем летальности. В результате вирусологического исследования было установлено, что возбудителем заболевания является вирус Эбола Заир (EBOV). Секвенирование полного генома и филогенетический анализ показали, что EBOV из Гвинеи представляет собой отдельную кладу, родственную известным штаммам EBOV из Демократической Республики Конго и Габона. Эпидемиологическое исследование выявило связь лабораторно подтвержденных случаев с предполагаемым первым смертельным случаем во время вспышки в декабре 2013 года. Это исследование указывает на возникновение нового штамма EBOV в Гвинее. Вспышки, вызванные вирусами родов вирус Эбола и вирус Марбург, представляют собой серьезную проблему для здравоохранения в странах Африки южнее Сахары. Заболевание, вызываемое вирусом Эбола, связано с уровнями летальности 30-90% в зависимости от вида вируса. Специфические условия в больницах и общинах Африки способствуют передаче заболевания от человека человеку. Три вида вируса Эбола вызвали крупные вспышки в Африке южнее Сахары: EBOV, вирус Эбола Судан и недавно описанный вирус Эбола Бундибуджио.1, 2 Эпидемии произошли в Демократической Республике Конго, Судане, Габоне, Республике Конго и Уганде. Вирус Эбола Рестон циркулирует на Филиппинах. Он вызывал заболевание у приматов, но не у людей.3 Пятый вид, вирус Эбола леса Тай был зарегистрирован в одном случае заражения человека в результате контакта с инфицированным шимпанзе из леса Тай на Берегу Слоновой Кости.4 Хотя это событие указало на присутствие вируса Эбола леса Тай в Западной Африке, этот субрегион не считался территорией, на которой EBOV является эндемическим. 10 марта 2014 года больницы и службы здравоохранения в Гекеду и Месенте уведомили Министерство здравоохранения Гвинеи, а через 2 дня организацию «Врачи без границ» в Гвинее о кластерах загадочного заболевания, характеризующегося лихорадкой, тяжелой диареей, рвотой и явно высоким уровнем смертности. («Врачи без границ» работали над проектом по малярии в Гекеду с 2010 года.) В Гекеду было госпитализировано восемь заболевших; трое из них умерли; были зарегистрированы другие смертельные случаи в семьях больных. Несколько смертельных случаев было зарегистрировано в Масенте, в том числе среди сотрудников больницы. Команда, присланная министерством здравоохранения, прибыла в район вспышки 14 марта (Рис. 1). Была уведомлена организация «Врачи без границ» в Европе, которая направила команду, прибывшую в Гекеду 18 марта. Были начаты эпидемиологические исследования; образцы крови были собраны и отправлены на вирусологический анализ в лаборатории с уровнем биобезопасности 4 в Лионе, Франция, и Гамбурге, Германия. Рисунок 1. Карта Гвинеи, на которой показаны места, где впервые произошла вспышка заболевания, вызванного вирусом Эбола. Охваченная вспышкой территория выделена красным цветом. Показана также главная дорога между охваченной вспышкой территорией и Конакри, столицей Гвинеи. Карта составлена по карте Организации Объединенных Наций.  Методы Пациенты Образцы крови были получены от 20 пациентов, госпитализированных в Гекеду, Масенте и Киссидугу с лихорадкой, диареей, рвотой или кровоизлияниями. Демографические и клинические данные о пациентах были указаны на формах запроса из лабораторий. Клинические данные не собирались на систематической основе. Эта работа проводилась в рамках ответных здравоохранительных мероприятий по сдерживанию вспышки в Гвинее; информированное согласие получено не было. Диагностические анализы Вирусную РНК экстрагировали из 50-100 мкл неразбавленной плазмы и плазмы, разбавленной 1:10, с помощью набора для экстракции вирусной РНК QIAmp (Qiagen). Тесты на основе амплификации нуклеиновых кислот для обнаружения филовирусов и аренавирусов проводились с использованием имеющихся в продаже наборов и опубликованных праймеров и зондов5-11 (Таблица S1 в Дополнительном приложении, доступном с полным текстом данной статьи на сайте NEJM.org). Секвенирование вируса Фрагменты, амплифицированные с помощью праймеров, специфичных для гена L филовирусов, были секвенированы с использованием праймеров для полимеразной цепной реакции (ПЦР). Полные геномы EBOV были секвенированы непосредственно с использованием РНК, выделенной из сыворотки, полученной от трех пациентов с высокими уровнями вирусной РНК, измеренными в анализе на основе ПЦР в реальном времени с обратной транскриптазой (ОТ-ПЦР). Геном был амплифицирован в перекрывающихся фрагментах с использованием праймеров, специфичных для EBOV. Фрагменты были секвенированы с обоих концов обычным методом Сэнгера. Последовательность контигов была подтверждена путем визуального осмотра электрофореграмм. Выделение вируса Около 100 мкл всех образцов сыворотки использовали для инокуляции клеток Vero E6, поддерживаемых в колбах объемом 25 см2 со средой Игла, модифицированной по способу Дульбекко, содержащей 2-5% фетальной сыворотки теленка и пенициллин-стрептомицин. Клетки и супернатант пассировали несколько раз. За ростом вируса в клетках налюдали с помощью иммунофлуоресценции с использованием специфических поликлональных мышиных анти-EBOV антител в сыворотке мышей, зараженных EBOV, или на основе повышения уровней вируса в супернатанте клеточной культуры на несколько порядков величины, измеренного методом ОТ-ПЦР в реальном времени. Электронная микроскопия Образцы от двух пациентов готовили для электронной микроскопии с помощью стандартной процедуры отрицательного окрашивания. Каплю сыворотки в разведении 1:10 адсорбировали на медной сетке, покрытой углеродом, зажженным электрическим разрядом, и окрашивали свежеприготовленной 1% фосфовольфрамовой кислотой (Agar Scientific). Снимки делали при комнатной температуре с помощью электронного микроскопа Tecnai Spirit (FEI), снабженного нитью LaB6 и работающего при ускоряющем напряжении 80 кВ. Филогенетический анализ Мы получили все 48 полных геномных последовательностей филовирусов, имеющихся в настоящее время в GenBank, и выровняли их с новыми гвинейскими последовательностями EBOV (18959 нуклеотидов). Мы применяли программное обеспечение, предназначенное для проведения статистического отбора наиболее подходящих моделей замены нуклеотидов (jModelTest12), чтобы определить общую обратимую во времени модель эволюции последовательностей с гамма-распределенной вариацией уровней между сайтами (GTR+gamma) в качестве модели, наилучшим образом описывающей филогенетическое данные. Мы использовали метод Монте-Карло с байесовским подходом и цепью Маркова, который реализуется в программе MrBayes 3.1.2,13 чтобы вывести состав одного филогенетического дерева, используя два прогона четырех цепей с 1 млн. шагов с уровнем отжига 25% и модель GTR+gamma. Второе дерево было выведено для того же выравнивания методом максимального правдоподобия, реализованным в программе PhyML14 в рамках гамма-модели с 1000 бутстраповских повторов. Эпидемиологические исследования Мы собрали данные о возможных цепях передачи на основе больничных записей и путем интервьюирования пациентов с подозрением на инфицирование EBOV, а также контактных лиц, членов семей, жителей деревень, в которых произошли смертельные случаи, служащих похоронных бюро, руководителей здравоохранения и сотрудников больниц. Результаты Идентификация штамма EBOV С целью обнаружения возбудителя мы проводили традиционные анализы на основе ОТ-ПЦР, специфичные для Filoviridae, нацеленные на консервативную область в гене L, для тестирования образцов, полученных от 20 госпитализированных пациентов с подозрением на инфицирование вирусом геморрагической лихорадки.5, 6,9 Кроме того, мы провели анализы на основе ОТ-ПЦР в реальном времени, специфичные для EBOV, нацеленные на ген гликопротеина (GP) или нуклеопротеина (NP).7, 10 Образцы от 15 из 20 пациентов дали положительные результаты в традиционном анализе гена L на основе ПЦР и в анализах в реальном времени (Таблица 1). EBOV был выявлен в сыворотке одного пациента с помощью электронной микроскопии (Рис. 2, вставка) и был выделен в культуре клеток 5 пациентов. Ни один образец не дал положительного результата на вирус Ласса в анализах на основе ОТ-ПЦР, специфичных для вируса Ласса.8, 11 Секвенирование фрагментов, амплифицированных с помощью анализов гена L на основе ОТ-ПЦР, выявило последовательности EBOV. Частичные последовательности гена L были идентичны во всех подтвержденных случаях, за исключением синонимичного полиморфизма Т-C в позиции 13560, который был обнаружен у пациентов С12 и С14. Таблица 1. Демографические, клинические и вирусологические характеристики 15 пациентов с подтвержденным заболеванием, вызванным вирусом Эбола, во время вспышки 2014 года в Гвинее.*
* Взятие всех образцов и регистрация состояния пациентов были проведены в 2014 году. н.о. означает «не определяли». |
Похожие:
 | Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «вектор»... Геморрагическая лихорадка Эбола в Юго-Западной Африке (Ситуация на 21. 04. 2014 года) | | Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «вектор»... Сообщение от президента Медицинского отделения Техасского университета 23 марта 2013 года |
| Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «вектор»... Двадцать четыре (24) пациента в настоящее время находятся в Центрах лечения evd: Конакри (6), Guéckédou (9), Telimele (3) и Boffa... | | Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «вектор»... Оперативная информация о болезни, вызванной вирусом Эбола (бввэ) в Западной Африке на сайте воз |
| Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «вектор»... Каскадная регуляция экспрессии генов вируса осповакцины модулируется многоступенчатыми промоторами. Yang Z, Maruri-Avidal L, Sisler... | | Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «вектор»... Заявление воз по итогам совещания Комитета Международных медико-санитарных правил по чрезвычайной ситуации в отношении вспышки Эболы... |
| Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «вектор»... Нейтрализующие антитела, связанные с факторами воздействия ортопоксвирусов у работников лабораторий. Neutralizing antibodies associated... | | Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «вектор»... Компания Bavarian Nordic получает разрешение на продажу оспенной вакцины imvanex в Европе (Bavarian Nordic Receives European Marketing... |
| Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «вектор»... Юго-Восточной Гвинеи (районы Гуэкеду, Масента и Киссидугу). Семеро заболевших в настоящее время проходят лечение в изоляторах района... | | Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «вектор»... «Ликвидация оспы: уничтожение запасов вируса натуральной оспы». В подготовленном к сессии докладе Секретариата воз2 представлена... |
| Получение антигенов и использование их для разработки средств диагностики... Работа выполнена в Федеральном государственном учреждении науки Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор»... |  | 29 марта 2012 года Дата введения Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии "Вектор"; Федеральным казенным учреждением здравоохранения "Противочумный... |
| Информационный бюллетень №15 (конкурсы, гранты, конференции) Ноябрь 2006 Содержание: «Горящие» Центрально-черноземный региональный информационный центр научно-технологического сотрудничества с ес | | Информационный бюллетень №10. (конкурсы, гранты, конференции) Июнь... Центрально-черноземный региональный информационный центр по научно-технологическому сотрудничеству с ес |
| Информационный бюллетень №13. (конкурсы, гранты, конференции) Сентябрь... Центрально-черноземный региональный информационный центр по научно-технологическому сотрудничеству с ес | | Информационный бюллетень №7. (конкурсы, гранты, конференции) Апрель... Центрально-черноземный региональный информационный центр по научно-технологическому сотрудничеству с ес |
