Отчет о научно-исследовательской работе, выполняемой по государственному контракту 14. 740. 11. 0001 «Разработка алгоритмов для биоинформационного анализа комплексных метаболических и молекулярно-генетических сетей»

Введение 6

1 ЦЕЛИ И ОБОСНОВАНИЕ НАПРАВЛЕНИЯ ИССЛЕДОВАНИЯ 8

2 Разработка методов анализа ассоциативных сетей на основе методов теории графов и дискретной математики, направленных на выявление особенностей их структурно-функциональной организации. 18

2.1 Базовые объекты ассоциативных генных сетей 18

2.2 Поиск путей в графах ассоциативных генных сетей 20

2.3 Метод кластеризации узлов графа ассоциативных генных сетей 23

3 Разработка метода поиска замкнутых контуров в сложных сетях с семантической разметкой. 28

4 Разработка программного обеспечения для интерактивной визуализации сложных сетей с семантической разметкой. 30

4.1 Интерфейс программы ANDVisio 32

4.2 Составление запросов к базе данных ассоциативных генных сетей 33

5 Разработка программного обеспечениия для анализа сложных сетей с семантической разметкой. 42

5.1 Раскладка сети на экране монитора 42

5.2 Поиск объектов в сети 42

5.3 Редактирование сети 43

5.4 Анализ ассоциативных сетей 43

5.5 Сохранение сетей 44

6 Проведение патентных исследований 46

7 Обобщение результатов проекта в целом 47

ЗАКЛЮЧЕНИЕ 49

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ ИСТОЧНИКОВ 51