Применение информационных технологий в биохимии

Скачать 383.36 Kb.

Название	Применение информационных технологий в биохимии
страница	3/9
Дата публикации	25.04.2015
Размер	383.36 Kb.
Тип	Реферат

100-bal.ru > Информатика > Реферат

1 2 3 4 5 6 7 8 9

1.3 Характеристика ресурса PredictProtein

Есть множество Web-ресурсов, которые принимают последовательность и возвращают предсказание структур и функций белков. PredictProtein — одна из таких систем, использовавшихся для предсказания вторичной структуры белка MutS. Пользователи предоставляют первичные последовательности белков, их субъединиц или даже участков на данный сервер, на основе чего PredictProtein с использованием большого пакета различных программ производит полный анализ первичной последовательности данного белка, позволяет установить в её пределах функциональные мотивы (PROSITE), регионы низкой и высокой сложности (SEG), сигналы ядерной локализации, регионы, лишенные регулярной структуры (NORS), а также предоставляет возможную вторичную структуру, даёт информацию о доступности растворителя к различных областям белковой молекулы, о глобулярных областях, трансмембранных спиралях, биспиральных (coiled-coil) регионах, структурных switch областях, дисульфидных связях, субклеточной локализации и возможных функциях [9].

По запросу также дополнительно можно осуществить распознавание фолда методом «трединга», установить предназначение CHOP доменов в данном конкретном случае, предсказать контакты между трансмембранными участками и между остатками [9].

Ниже приведён список программ, которые используются на ресурсе PredictProtein, и их краткое описание:

• PROSITE – база данных функциональных мотивов;

• ScanPROSITE обнаруживает все функциональные мотивы в задаваемой последовательности, которые аннотированы в базе данных ProSite db;

• SEG подразделяет задаваемые последовательности на области высокой и низкой сложности;

• ProDom является базой данной предполагаемых белковых доменов; при помощи BLAST осуществляется поиск в пределах этой базы данных тех доменов, которые соответствуют белку исследователя;

• MaxHom – это программа динамических «множественных выровненных» последовательностей; она позволяет найти в имеющейся базе данных последовательности, которые соответствуют последовательностям такого же характера анализируемого белка;

• MView позволяет превратить «множественные выровненные» последовательности в «разукрашенные» выходные данные в формате HTML;

• PHD подходящая программа для прогнозирования 1D структуры (вторичной структуры, доступности растворителю) на основе «множественных выровненных» последовательностей

• PHDsec прогнозирует вторичной структуру на основе «множественных выровненных» последовательностей

• PHDacc подходящая программа для прогнозирования доступности каждого аминокислотного остатка по отношению к растворителю на основе «множественных выровненных» последовательностей;

• PHDhtm предсказывает положение и топологию трансмембранных спиралей на основе «множественных выровненных» последовательностей.

• PROF - подходящая программа для предсказания 1D структуры (вторичной структуры, доступности растворителю) на основе «множественных выровненных» последовательностей.

• PROFsec прогнозирует вторичной структуру на основе «множественных выровненных» последовательностей.

• PROFACC предсказывает доступность каждого аминокислотного остатка по отношению к растворителю на основе «множественных выровненных» последовательностей.

• GLOBE осуществляет предсказание глобулярности белка

• DISULFIND предсказывает наличие в белковой структуре дисульфидных мостиков, основываясь на двухэтапный процесс

• ASP обнаруживает области, в которых наиболее вероятно осуществляются конформационные переходы [9];

Таким образом, алгоритм действий при моделировании структуры белков в случае использования PROF ресурса следующий [9]:

• Необходимо предоставить запрос на сайт www.predictprotein.org в виде аминокислотной последовательности, которую можно получить в любой базе данных, например, PDB.

Глава 2 Методика исследования

1 2 3 4 5 6 7 8 9

Похожие:

	Применение информационных технологий в физиологии и биохимии растений Характеристика информационных технологий, применяемых в физиологии и биохимии 5		Применение информационных технологий в системе образования Понятие информационных технологий. Роль средств новых информационных технологий в образовании 10
	Применение информационных технологий в исследованиях поэтических... Применение информационных технологий в исследованиях поэтических особенностей стиля Ю. Левитанского 12		Применение информационных технологий в изучении истории древнего... Применение информационных технологий в изучении истории древнего мира в 5-ых классах
	Применение информационных технологий на уроках английского языка... Возможности использования информационно-коммуникативных технологий в обучении английскому языку 17		Программа профессионального модуля пм. 07 «Применение информационных... ПМ. 07 "Применение информационных технологий в профессиональной деятельности" разработана на основе Федерального государственного...
	Выпускная работа по «Основам информационных технологий» Реферат: «Применение информационных технологий в исследовании и описании безэквивалентной лексики» 6		Выпускная работа по «Основам информационных технологий» «Применение информационных технологий в географии на примере оценки недвижимости» 5
	Выпускная работа по «Основам информационных технологий» Реферат по ит в предметной области: «Применение информационных и коммуникационных технологий в обучении иностранному языку» 4		Выпускная работа по «Основам информационных технологий» на тему «Применение... Реферат «Применение информационных технологий в решении нелинейных уравнений методом последовательных приближений.» 3
	Применение информационных технологий на уроках истории и обществоведения... Возможности использования информационно-коммуникативных технологий в обучении истории 17		Курсовая работа на тему: Применение информационных технологий на рабочем месте пользователя Тема курсовой работы: «Применение информационных технологий на рабочем месте пользователя»
	Применение информационных технологий для эконометрического анализа... Гоу впо «башкирская академия государственной службы и управления при президенте республики башкортостан»		Применение информационных технологий в производственной деятельности Реферат на тему «применение информационных технологий в производственной деятельности» Введение 4
	Применение информационных технологий в банковской сфере Банки стараются извлекать информацию о своих клиентах, предоставлять им банковские услуги наиболее приемлемым способом, в связи с...		Применение информационных технологий в педагогической деятельности Для подготовки к урокам и классным часам с использованием информационных технологий приходилось затрачивать много времени и, одновременно...

Школьные материалы