Применение информационных технологий в биохимии

Скачать 383.36 Kb.

Название	Применение информационных технологий в биохимии
страница	8/9
Дата публикации	25.04.2015
Размер	383.36 Kb.
Тип	Реферат

100-bal.ru > Информатика > Реферат

1 2 3 4 5 6 7 8 9

Список литературы к реферату

1. Bioinformatics and Functional Genomics Jonathan Pevsner [Electronic re-source] / Mode of access: http://www.bioinfbook.org/ – Date of access: 14.11.2006.

2. Арчаков А.И. Биоинформатика, геномика и протеомика — науки о жизни XXI столетия // Вопросы медицинской химии. 2000. №1. — medi.ru/pbmc/8800101.htm (дата обращения: 12.10.2009).

3. Гельфанд М. С. Биоинформатика: от эксперимента к компьютерному анализу и снова к эксперименту / М. С. Гельфанд, В. А. Любецкий // Вестник Российской академии наук. – 2003. – том 73. – № 11. – C. 987-994.

4. Леск А.. Введение в биоинформатику. – М.: БИНОМ. Лаборатория знаний, 2009. – 318 с.

5. http://www.nsu.ru/

6. http://molbiol.edu.ru/

7. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

8. http://www.jcbi.ru/

9. Rost, B., Yachdav G. and Liu J. The PredictProtein Server.// Nucleic Acids Research. – 2004. – 32, Web Server issue: W321-W326.

10. McGuffin, L.J., Bryson K., Jones, D.T. The PSIPRED protein structure prediction server.// Bioinformatics. - 2000. – 16. – P. 404-405.

11. http://cubic.bioc.columbia.edu/eva

12. Arnold, K., Bordoli, L., Kopp, J., Schwede, T. The SWISS-MODEL workspace: a web-based environment for protein structure homology modelling // Bioinformatics. – 2006. – Vol. 22, № 2. – P. 195–201

13. http://swissmodel.expasy.org

Предметный указатель к реферату

CASP 21, 24, 25

PDB 4, 7, 8, 10, 15, 17, 22

PredictProtein 9, 26, 32

PSIPRED 11, 12, 24, 26

SWISS-MODEL 14, 15, 17, 24, 26

База данных 7, 8, 30

выравнивание 12, 15, 16, 17, 18, 19, 20

моделирование по гомологии 20, 24

Последовательность 7, 22

пространственная структура 7, 14, 21, 22

Протеомика 5

трединг 20, 21

фолд 9, 10, 18, 19, 20, 21, 24

Интернет ресурсы в Предметной области исследования

http://molbiol.edu.ru/

Практическая молекулярная биология. Сайт является незаменимым для биохимиков, генетиков, микробиологов и молекулярных биологов. Это круп-нейшая биологическая база данных. Сайт содержит подробный справочник, который состоит из наиболее важных разделов. Здесь можно найти руково-дства и рекомендации по выполнению тех или иных операций, подробное опи-сание методов исследования (работа с бактериями, бактериофагами, эукарио-тическими организмами, дигибридные системы, методы выделения и анализа ДНК про- и эукариотических организмов, работа с белками), методики и рас-четы для приготовления растворов, подбор необходимых для исследования ферментов и реактивов. Можно следить за свежими публикациями. Имеются обзоры различных биологических ресурсов и программ, а также ссылки на биологические журналы и гранты биологического профиля. Внимание уделя-ется также образованию и образовательным ресурсам. Имеются сведения о компаниях и русскоязычных институтах биологического профиля, а также ссылки на полезные web-ресурсы.

http://www.bmn.com/

BioMedNet организован Elsevier Science. Это web-сайт для биологов и медицинских работников. Можно получать новости сайта по E-mail. На этом сайте:

публикуются обзоры, новости, обзоры конференций;
имеется хорошая подборка аннотированных web-ресурсов;
имеется список журналов со свободным доступом (часто временно ради рекламы доступны хорошие журналы), возможность подписаться на "со-держание журналов";
возможен поиск фирм производителей конкретной медико-биологической продукции;
имеются: MEDLINE; Technical Tips (коллекция молекулярно-биологических протоколов);
имеется база вакансий с возможностью поиска.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

National Center for Biotechnology Information (NCBI) организован в 1988 году как отделение National Library of Medicine (NLM) в National Institutes of Health (NIH). В настоящее время это крупнейшая биологическая база данных (молекулярная биология, биохимия и генетика). NCBI имеет мощные системы обработки и представления этих данных. Содержит следующие базы данных и программы для поиска: GenBankRefSeq, DbSNP, UniGene, OMIM, Genomic Bi-ology, Entrez, Entrez Genomes, BLAST, программы BLAST поиска, базы дан-ных для BLAST поиска, базы аминокислотных последовательностей, базы нуклеотидных последовательностей. Здесь можно найти руководства или ре-комендации по выполнению тех или иных операций, описание методов иссле-дования, растворов, расчетов, подбор рестриктаз для исследования. Можно следить за свежими публикациями. Имеются обзоры и справочник. Внимание уделяется также образованию и образовательным ресурсам. Книги на сайте NCBI читать подряд неудобно, но зато есть возможность поиска.

PubMed – это информационный ресурс NIH, состоящий из множества разделов. Он содержит более 16 миллионов цитат из научных журналов био-медицинской и естественнонаучной направленности, начиная с 1950-х годов. Здесь размещаются ссылки на полные тексты статей и другие связанные ре-сурсы (на страницы Национальной Библиотеки медицины США; на страницу MEDLINE – базу материалов о более чем 700 заболеваниях, о лекарственных средствах, на этом портале есть также медицинская энциклопедия и медицин-ский словарь и много другой полезной информации; на базы данных по токси-кологии и токсическим веществам и др.). Поиск в базе данных журналов мож-но осуществлять по предмету или по названию журнала, по сокращенному на-званию, аббревиатуре ISO и другим параметрам. PubMed содержит полное со-держание MEDLINE и PREMEDLINE баз данных и некоторые статьи не вхо-дящие в них. Очень удобно доверить регулярный просмотр ссылок на PubMed программе BioMail.

Medline на уже упоминавшемся "BioMedNet".

Medline на "HealthWord Online".

Medline на "Medscape Molecular Medicine".
Citation Matcher организован NCBI и NIH. Позволяет найти статью по библиографическим данным. Возможен поиск сразу же большого коли-чества статей. Можно использовать Citation Matcher через E-mail (E-Mail Citation Matcher). Для того чтобы узнать правила работы достаточно по-слать письмо с текстом HELP.

http://expasy.org/tools/

ExPASy Proteomic tools – самое полное (из известных мне) собрание компьютерных инструментов для анализа аминокислотных последовательностей и протеомных данных, созданное Швейцарским Институтом Биоинформатики (SIB). Кроме программ, разработанных в самом SIB и хранящихся на сервере института, на сайте представлены и ссылки на программы других разработчиков. Здесь можно найти инструменты для анализа данных масс-спектрометрии и двумерного электрофореза, определения белка по аминокислотной последовательности, молекулярной массе и изоэлектрической точке, расчета молекулярной массы и изоэлектрической точки белка по его аминокислотной последовательности, в том числе с учетом посттрансляционных модификаций. Есть также группа программ для перевода нуклеотидной последовательности в аминокислотную и обратно; поиска сходства между определенной последовательностью и последовательностями, представленными в базах данных; предсказания вторичной, третичной и четвертичной структуры, сигналов внутриклеточной локализации, сайтов посттрансляционных модификаций белков; визуализации третичной и четвертичной структуры белков, сравнения аминокислотной последовательности и третичной структуры двух или более белковых молекул и многого другого.

Важной положительной характеристикой сайта является то, что представленные программы разделены на группы, в зависимости от выполняемых ими функций. Кроме того, рядом с каждой гиперссылкой есть краткое описание программы и области ее применения.

Таким образом, данный ресурс предоставляет максимально широкие возможности работы с белковыми молекулами. Этот сайт будет полезен практически любому биологу, занимающемуся молекулярно-биологическими исследованиями.

http://highwire.stanford.edu/

Этот сайт секции библиотеки Стэнфордского университета предлагает вниманию пользователей огромную базу материалов, которые можно загру-зить бесплатно в полном объеме. Источниками предлагаемых статей являются 975 журналов. Читатели имеют возможность доступа к полным текстам почти 1 435 924 статей, которые перед публикацией получили рецензию экспертов. Возможен быстрый поиск и расширенный поиск (по авторам статей, названи-ям, цитатам, ключевым словам и т.д.).

http://www.sciencedirect.com/

База данных и поисковая система, содержащая оглавления научных жур-налов издательства Elsevier по естественным наукам. Предлагает вниманию пользователей материалы по научной, медицинской и технической информа-ции: более 2000 рецензируемых журналов, сотни книжных серий, руководств и справочников. Поиск информации можно осуществлять по ключевым словам. Возможен вариант расширенного поиска (по названию журнала, статьи; поиск по автору, и др.). Для организаций, подписанных на издания Elsevier, предос-тавлен полнотекстовый доступ к статьям, в других случаях – доступ только к рефератам. Позволяет следить за текущей литературой.

http://www.scirus.com/srsapp/

Scirus – наиболее полная поисковая система для ученых в Интернете. Основанный на последних поисковых технологиях, он ищет более, чем в 300 миллионах определенных для науки Web-страницах, позволяя пользователям быстро находить:

• Научные, медицинские и технические сведения;

• Последние публикации; рецензируемые журналы; патенты и журналы, которые обычно пропускают другие поисковые системы.

• Поисковик предлагает уникальные функциональные возможности для ученых и исследователей

• Эта поисковая система обращает внимание только на те Web-страницы, которые содержат научную информацию.

Scirus поможет быстро определять местонахождение научной информации в Интернете:

отфильтровывает ненаучные сайты;
находит рецензируемые статьи формата PDF и файлы PostScript, которые являются часто невидимыми для других поисковиков;
ищет глубже чем другие поисковые системы, показывая таким образом нужную информацию.

С Scirus, можно:

•выбрать диапазон предметных областей для поиска;

•сузить ваш поиск по конкретному автору, журналу или статье;

•ограничить поиск диапазоном даты;

•найти информацию о научных конференциях, резюме и патентах;

•усовершенствовать, настроить и сохранить результаты поиска.

http://swissmodel.expasy.org/

SWISS-model представляет собой полностью автоматизированный сервер, осуществляющий моделирование белковых структур по гомологии. Главная цель этого сервера — сделать моделирование белков, доступным для всех биохимиков и молекулярных биологов по всему миру.

http://www.predictprotein.org/

PredictProtein является интернет-ресурсом для анализа последовательностей и предсказания структур и функций белков. Данный сервер позволяет произвести полный анализ первичной последовательности исследуемого белка, а также смоделировать вторичную и третичную структуры белков при использовании широкого набора разнообразных программ.

http://www.sciencekomm.at/

Более 4000 ссылок на биологические и медицинские журналы содержится на "science.komm" (там же удобные ссылки на полнотекстовые источники, словари, базы данных по абстрактам и т.п.). По web-ссылке вы попадаете на сайт конкретного журнала. На многих журналах можно подписаться на рассылку оглавления по E-mail.

http://www.vak.org.by

Сайт Высшей аттестационной комиссии Республики Беларусь, на котором размещены материалы, касающиеся подготовки научных кадров, присуждения ученых степеней и званий, краткие паспорта специальностей и программы-минимумы кандидатских экзаменов по специальности. В разделе «Каталог файлов» представлены доступные для скачивания файлы нормативных документов с приложениями и шаблоны регистрационных документов. Организован поиск по сайту и в сети Интернет.

1 2 3 4 5 6 7 8 9

Похожие:

	Применение информационных технологий в физиологии и биохимии растений Характеристика информационных технологий, применяемых в физиологии и биохимии 5		Применение информационных технологий в системе образования Понятие информационных технологий. Роль средств новых информационных технологий в образовании 10
	Применение информационных технологий в исследованиях поэтических... Применение информационных технологий в исследованиях поэтических особенностей стиля Ю. Левитанского 12		Применение информационных технологий в изучении истории древнего... Применение информационных технологий в изучении истории древнего мира в 5-ых классах
	Применение информационных технологий на уроках английского языка... Возможности использования информационно-коммуникативных технологий в обучении английскому языку 17		Программа профессионального модуля пм. 07 «Применение информационных... ПМ. 07 "Применение информационных технологий в профессиональной деятельности" разработана на основе Федерального государственного...
	Выпускная работа по «Основам информационных технологий» Реферат: «Применение информационных технологий в исследовании и описании безэквивалентной лексики» 6		Выпускная работа по «Основам информационных технологий» «Применение информационных технологий в географии на примере оценки недвижимости» 5
	Выпускная работа по «Основам информационных технологий» Реферат по ит в предметной области: «Применение информационных и коммуникационных технологий в обучении иностранному языку» 4		Выпускная работа по «Основам информационных технологий» на тему «Применение... Реферат «Применение информационных технологий в решении нелинейных уравнений методом последовательных приближений.» 3
	Применение информационных технологий на уроках истории и обществоведения... Возможности использования информационно-коммуникативных технологий в обучении истории 17		Курсовая работа на тему: Применение информационных технологий на рабочем месте пользователя Тема курсовой работы: «Применение информационных технологий на рабочем месте пользователя»
	Применение информационных технологий для эконометрического анализа... Гоу впо «башкирская академия государственной службы и управления при президенте республики башкортостан»		Применение информационных технологий в производственной деятельности Реферат на тему «применение информационных технологий в производственной деятельности» Введение 4
	Применение информационных технологий в банковской сфере Банки стараются извлекать информацию о своих клиентах, предоставлять им банковские услуги наиболее приемлемым способом, в связи с...		Применение информационных технологий в педагогической деятельности Для подготовки к урокам и классным часам с использованием информационных технологий приходилось затрачивать много времени и, одновременно...

Школьные материалы