Применение информационных технологий в биохимии

Скачать 383.36 Kb.

Название	Применение информационных технологий в биохимии
страница	7/9
Дата публикации	25.04.2015
Размер	383.36 Kb.
Тип	Реферат

100-bal.ru > Информатика > Реферат

1 2 3 4 5 6 7 8 9

Обсуждение результатов

Описанные выше программы, которые широко используются для предсказания структур белков, хорошо зарекомендовали себя, однако не являются единственными.

Так, наряду с программами PROF и PSIPRED для предсказания вторичной структуры белков могут быть использованы PROFsec, PHD, PHDsec и целый ряд других программных пакетов. Точно также обстоит дело и с программами, предназначенными для моделирования по гомологии (кроме сайта SWISS-MODEL с его программным обеспечением используется также, например, сервер MODBASE), и с программами, используемыми для моделирования на основе распознавания фолда (не только ROSETTA, но LINUS и др.)

Проблема прогнозирования структуры белков является весьма актуальной не только в области современной биологии, но и в медицине, фармакологии. Поэтому и неудивительно, что идёт непрерывный процесс совершенствования не только уже имеющегося программного обеспечения в данной области, но и создание нового. И конечно, поскольку существует большое количество программ для прогнозирования, возникает правомерный вопрос о сравнении результатов, полученных с их помощью.

Так, существует проект CASP – программа долгосрочного исследования, предназначенная для оценки методов для предсказания белковых структур. В рамках этой программы кристаллографы и ЯМР-спектроскописты публикуют аминокислотные последовательности белков, структуры которых они расшифровали, но сами структуры держат в тайне до тех пор, пока «предсказатели» не будут готовы представить модели этих белков. Каждые два года последовательности публикуются весной, а к осени предсказания должны быть уже готовы. Затем прогнозы и эксперименты сравниваются и в конце года авторы предсказаний собираются на торжественной конференции для обсуждения текущих результатов и оценки успехов [4].

Предсказания в CASP делятся на три основные категории:

1 предсказание вторичной структуры;

2 сравнительное моделирование (моделирование по гомологии);

3 распознавание укладки и моделирование новых фолдов;

Три эксперта-оценщика, по одному на каждую категорию, сравнивают предсказанную и экспериментально расшифрованную структуры и оценивают качество предсказаний. В число докладчиков входят организаторы, эксперты-оценщики и предсказатели, включая тех, кто только отчасти добился успеха и тех, кто разработал интересный новый метод моделирования [4,11].

Именно в рамках осуществления проекта CASP в 2000 г. была показана высокая эффективность программ PROF для предсказания структуры домена белка репарации MutS из Thermus aquaticus и ROSETTA для предсказания нового фолда в случае N – концевой половины домена 1 белка человека Xrcc4 из системы репарации ДНК [4].

Стоит отметить, что непрерывный полностью автоматический анализ предсказанных структур (включая предсказание вторичных структур, но не только их) осуществляется Web-сервером ЕVА. Это плод сотрудничества групп из Нью-Йорка и Мадрида. Целью проекта EVA является мониторинг прогресса в этой области и вы¬работка рекомендаций пользователям для использования различных серверов предсказания структуры в разных категориях. EVA может рассматриваться как непрерывный CASP, ограниченный методами, которые могут быть проверены автоматически. Вместе с тем EVA имеет доступ к гораздо большему набору данных, чем САSР. Поэтому ее решения менее подвержены статистическим флуктуациям и трудностям выбора задач в САSР [4,11].

Заключение

Таким образом, на основании вышеизложенного материала можно однозначно утверждать, что интенсивное проведение современных молекулярно-биологических, биохимических, биотехнологических и ряда других исследований неразрывно связано с внедрением и эффективным использованием информационных технологий и привело к созданию новой научной области – биоинформатики.

На современном этапе решение проблемы, связанной с предсказанием структуры и свойств белков на основании данных об их аминокислотном составе, осуществляется благодаря усилиям учёных из различных стран, создаются и реализуются программы долгосрочных исследований, такие, как например, CASP. Хорошо зарекомендовало себя использование описанных в данной работе подходов для предсказания структур белков, но вместе с тем не исключена возможность разработки и новых подходов.

Необходимо подчеркнуть, что происходит активное использование и усовершенствование уже имеющихся программ, а также активная разработка нового программного обеспечения, необходимого для определения структуры белков по их аминокислотным последовательностям на основе таких.

Наличие мощных Web-узлов, хранящих необходимое программное обеспечение и обширные базы данных, позволяет осуществлять быструю навигацию имеющейся информации, систематизировать данные, выполнять необходимые исследования и объединять учёных по всему миру.

1 2 3 4 5 6 7 8 9

Похожие:

	Применение информационных технологий в физиологии и биохимии растений Характеристика информационных технологий, применяемых в физиологии и биохимии 5		Применение информационных технологий в системе образования Понятие информационных технологий. Роль средств новых информационных технологий в образовании 10
	Применение информационных технологий в исследованиях поэтических... Применение информационных технологий в исследованиях поэтических особенностей стиля Ю. Левитанского 12		Применение информационных технологий в изучении истории древнего... Применение информационных технологий в изучении истории древнего мира в 5-ых классах
	Применение информационных технологий на уроках английского языка... Возможности использования информационно-коммуникативных технологий в обучении английскому языку 17		Программа профессионального модуля пм. 07 «Применение информационных... ПМ. 07 "Применение информационных технологий в профессиональной деятельности" разработана на основе Федерального государственного...
	Выпускная работа по «Основам информационных технологий» Реферат: «Применение информационных технологий в исследовании и описании безэквивалентной лексики» 6		Выпускная работа по «Основам информационных технологий» «Применение информационных технологий в географии на примере оценки недвижимости» 5
	Выпускная работа по «Основам информационных технологий» Реферат по ит в предметной области: «Применение информационных и коммуникационных технологий в обучении иностранному языку» 4		Выпускная работа по «Основам информационных технологий» на тему «Применение... Реферат «Применение информационных технологий в решении нелинейных уравнений методом последовательных приближений.» 3
	Применение информационных технологий на уроках истории и обществоведения... Возможности использования информационно-коммуникативных технологий в обучении истории 17		Курсовая работа на тему: Применение информационных технологий на рабочем месте пользователя Тема курсовой работы: «Применение информационных технологий на рабочем месте пользователя»
	Применение информационных технологий для эконометрического анализа... Гоу впо «башкирская академия государственной службы и управления при президенте республики башкортостан»		Применение информационных технологий в производственной деятельности Реферат на тему «применение информационных технологий в производственной деятельности» Введение 4
	Применение информационных технологий в банковской сфере Банки стараются извлекать информацию о своих клиентах, предоставлять им банковские услуги наиболее приемлемым способом, в связи с...		Применение информационных технологий в педагогической деятельности Для подготовки к урокам и классным часам с использованием информационных технологий приходилось затрачивать много времени и, одновременно...

Школьные материалы